從運作形式及發展水平來看，它的進程是非常緩慢的。其主要制約因素如下。

1.成員國間存在諸多分歧，內部協調有待加強。

南共市5個成員國和5個聯系國之間沒有太多歷史糾葛，但因同屬發展中國家，經濟結構較為類似，成員國和聯系國的利益追求有所趨同，這勢必造成一些利益爭端。自1995年成立以來，南共市內部的分歧和爭端一直沒有間斷過。其中以巴西和阿根廷的矛盾最為突出，兩國貿易爭端甚至上升到政治層面，直接影響南共市整體目標的實現，阻礙一體化的進一步深化。雖然南共市在巴西的對外政策中更具有國際戰略性質，但從實際效果來看，作為地區政治大國和經濟大國的巴西,并沒有很好盡到領導國的責任。一方面，南共市內部經濟發展水平不盡相同，既包括經濟開放程度較高的智利，也涵括了巴西和墨西哥兩個地區經濟大國，同時也存在玻利維亞、巴拉圭、秘魯等非常貧困的國家。在這樣的集團內部，客觀存在著一定的產業沖突。另一方面，成員國和聯系國也無法真正實現宏觀經濟政策一致的主觀目標。如何在發展中求均衡，在自由貿易中照顧弱國的困難，是擺在南共市各國領導人面前的一道難題。

2.美國的u201c分而治之u201d政策及南共市內部的離心傾向使南共市難以粘合成一個有機整體。

除了內部因素外，南共市在發展過程中也遇到了美國所推行的u201c美洲自由貿易區u201d政策的巨大挑戰。隨著美拉在美洲自由貿易區談判上陷入僵局，美國采取了u201c分而治之u201d的政策，借以分散南美、特別是南共市的力量。由于受1990年來拉美內部經濟危機等因素的影響，南共市成員國曾一度放棄共同對外談判的立場，獨自尋求擺脫危機的解決辦法。阿根廷曾多次表示要與美國締結雙邊貿易協定。2002年，烏拉圭前總統巴特列也表示：u201c南共市要么抱在一起死亡，要么各自尋找生路。u201d為了擺脫對南共市的過分依賴，烏拉圭決定獨自與美國舉行自由貿易談判，希望在美國找到更大的出口市場，以此振興本國經濟。此外，巴拉圭企業部門也曾要求政府退出南共市。巴拉圭前總統杜阿爾特曾表示：u201c南共市繼續是一個挑戰，對許多人來說它繼續是一種夢想。但如果我們看到它的一些進展，我們就可以獲得重要的跡象。u201d巴拉圭前外長拉奇德則指出：u201c像歐盟這樣一體化最為完整的集團都遇到了困難！我們怎么能說我們正在走出幼稚階段，走進成熟階段！我們仍然有許多路要走。u201d

3.受政治影響較大，政策上的不連續性使南共市的發展出現較強的階段性特征。

在拉美歷史上，存在一個非常明顯的傳統，即對外政策很大程度上決定于執政者的意愿。由于受這種因素的影響，南共市從建立至今體現出非連續性的階段性發展。以巴西為例。南共市是在卡多佐第一次執政時期建成的，但由于巴西和阿根廷當時的執政黨與美國的關系相對較好，在推動南共市內部體制建設上，很多決議僅停留在書面形式，付諸實施的計劃少之又少。有統計數字表明，南共市建立以來，共簽署了近100項協議，但4個成員國議會表決通過的協議僅21項。④近幾年來，由于巴西和阿根廷左派政黨的上臺，兩國的外交政策出現較為明顯的回歸南美的傾向，正是在這種強化一體化的意愿指導下，南共市內部合作得到一定的強化，規模也得到進一步的擴大，協作機制也開始逐步完善。另外，南共市受成員國的政治形勢影響較大，由于近五年南共市成員國頻繁出現政治形勢和經濟形勢的不穩定，加之巴西馬上面臨2006年的總統大選，南共市的發展前景不是太明朗。