上海市地處長江入海口、太湖流域東緣。境內河道（湖泊）面積約500多平方公里，河面積率為9%～10%；上海市河道長度2萬余公里，河網密度平均每平方公里3公里～4公里。

上海境內江、河、湖、塘相間，水網交織，主要水域和河道有長江口，黃浦江及其支流吳淞江（蘇州河）、蕰藻浜、川楊河、淀浦河、大治河、斜塘、圓泄涇、大泖港、太浦河、攔路港，以及金匯港、油墩港等。其中黃浦江干流全長80余公里，河寬大都在300米～700米之間，其上游在松江區米市渡處承接太湖、陽澄淀泖地區和杭嘉湖平原來水，貫穿上海至吳淞口匯入長江口。吳淞江發源于太湖瓜涇口，在市區外白渡橋附近匯入黃浦江，全長約125公里，其中上海境內約54公里，俗稱蘇州河，為黃浦江主要支流。上海的湖泊集中在與蘇、浙交界的西部洼地，最大的湖泊為淀山湖，面積為60余平方公里。

上海市境內天然植被殘剩不多，絕大部分是人工栽培作物和林木。天然的木本植物群落，僅分布于大金山島和佘山等局部地區，天然草本植物群落分布在沙洲、灘地和港汊。栽培的農作物共有100多個種類，近萬個品種。蔬菜多達400多種，居全國之冠，瓜果和觀賞花卉品種也很多。

動物資源主要是畜禽品種，野生動物種類已十分稀少。水產資源豐富，共有魚類177屬226種，其中淡水魚171種，海水魚55種。

上海境內缺乏金屬礦產資源，建筑石料也很稀少，陸上的能源礦產同樣匱乏。70年代以來開始在近海尋找油氣資源，在多口鉆井中獲得工業原油和天然氣。

據初步估算，東海大陸架油氣資源儲量約有60億噸，是中國近海海域最大的含油氣盆地。附近的南黃海，經過調查和勘探，也發現油氣資源，估算有2.9億噸儲量。東海海水中化學資源豐富，在長江口淺海底下，還發現一些礦物異常區，有鋯石、鈦鐵砂、石榴石、金紅石等重要礦物。^[17]植物資源