根據上述職責，市商務局設15個內設機構：

（一）辦公室

負責文電、文秘、機要、檔案等機關日常政務工作；承擔新聞宣傳、政務公開、公文管理、信訪、保密、應急、行政管理、安全保衛(wèi)等工作；承擔重要會議、重大活動的組織協調和決定事項的督辦等；負責局機關內部總務管理、規(guī)章制度建設、固定資產管理、后勤保障、社會公益事務及其它行政事務工作；負責全市經貿出訪團組初審、會審工作，審批、辦理有關經貿往來的外國人入境簽證手續(xù)；建立完善商務信息公共服務體系，承擔機關電子政務及網站管理工作，指導商務系統信息化和電子商務工作。

（二）組織人事處

負責商務系統思想政治教育和精神文明建設；負責局機關的機構編制、組織人事、干部管理、勞動工資、隊伍建設、教育培訓等工作；負責本機關離退休人員及歸口管理的企業(yè)離休人員的管理和服務工作；指導工會、共青團、婦女、計劃生育工作；負責局機關出國（境）人員政審；商務系列專業(yè)技術資格初審工作，指導商務系統人才隊伍建設。

（三）綜合處（政策法規(guī)處）

研究經濟全球化、區(qū)域經濟合作和現代流通方式的發(fā)展趨勢；擬訂全市商務發(fā)展戰(zhàn)略和實施規(guī)劃，擬訂全市商務工作目標和綜合評價考核辦法，監(jiān)測分析商務運行狀況并提出意見和建議；匯總、編制商務系統各類統計報表；承擔商務系統和全市招商引資工作的宣傳、調研和重要會議的組織工作，起草商務運行情況和招商引資推進的綜合性文稿；編輯出版商務內刊。

組織起草有關地方性政策措施及實施細則；研究起草商務發(fā)展的政策建議，參與起草局重要文件；承擔國家商務領域有關法律、法規(guī)、條約、協定實施的協調工作；承擔機關有關規(guī)范性文件的審核工作；承辦相關行政復議和行政應訴工作，負責局行政許可服務事項；承擔本系統法制宣傳教育工作。

（四）財務審計處

參與擬訂促進我市商務經濟發(fā)展的政策與措施；推進貿、銀、信合作體系建設，承擔與進出口銀行、出口信用保險機構合作的相關工作，牽頭或參與協調商務與財政、稅務、金融、外管、價格等部門的相關財經業(yè)務工作；管理商務局歸口的各項促進商務發(fā)展的業(yè)務資金、專項資金；負責商務局部門預決算編報及預算執(zhí)行、政府采購、會計核算、財務管理工作，負責商務局內部及所屬單位的審計監(jiān)督；管理、指導所屬單位財務會計工作。

（五）市場運行調節(jié)處（市場秩序處、u201c菜籃子u201d工程辦公室、市生豬屠宰管理辦公室、市繭絲綢協調辦公室、市酒類管理辦公室）

牽頭協調整頓和規(guī)范市場經濟秩序相關工作；指導商務綜合行政執(zhí)法，指導商務舉報投訴服務網絡建設；推動商務領域信用建設，指導商業(yè)信用銷售，建立市場誠信公共服務平臺；承擔生豬屠宰行業(yè)管理和屠宰執(zhí)法指導工作；參與組織打擊侵犯知識產權、商業(yè)欺詐等工作；承擔市u201c放心肉u201d服務體系建設工作領導小組辦公室的具體工作。

監(jiān)測、分析市場運行和重要商品供求狀況，進行市場預測、預警和信息發(fā)布，并提出相應的調控建議；承擔建立健全生活必需品市場供應應急管理機制相關工作；承擔重要消費品（肉類、食糖、小包裝食品等）儲備管理和市場調控的有關工作；負責牽頭協調u201c菜籃子u201d工程，承擔市u201c菜籃子u201d工程協調領導小組辦公室的具體工作；承擔重要生產資料商品流通管理；制定全市繭絲綢行業(yè)發(fā)展規(guī)劃，調控繅絲、絹紡加工規(guī)模；負責蠶繭收烘布局的規(guī)劃、繭站設定、蠶繭收購、蠶絲經營的管理和經濟指標綜合統計工作；承擔繭絲綢協調和酒類管理的有關工作；牽頭承擔商貿流通行業(yè)有關綜合性工作。

（六）市場體系建設處

擬訂規(guī)范市場體系的地方性政策和標準，推進流通標準化；牽頭組織規(guī)范零售企業(yè)促銷行為；研究提出引導各種資金投向市場體系建設的政策，指導督促商業(yè)體系建設，編制城市商業(yè)網點規(guī)劃；推進農村市場和農產品流通體系建設；指導大宗產品批發(fā)市場規(guī)劃工作；推動現有農貿市場改造升級；承擔直銷企業(yè)服務網點的核查與上報；按有關規(guī)定對拍賣、典當、租賃、舊貨流通、汽車流通行業(yè)等進行監(jiān)督管理。

（七）商貿服務管理處

擬訂現代流通服務業(yè)的發(fā)展戰(zhàn)略、行業(yè)規(guī)劃、行業(yè)規(guī)范，并組織實施；提出優(yōu)化流通產業(yè)結構、深化流通體制改革和促進商貿中小企業(yè)發(fā)展的政策建議；推動連鎖經營、商業(yè)特許經營、電子商務、商業(yè)物流配送等現代流通方式的發(fā)展；負責大型流通企業(yè)集團的培育工作；指導社區(qū)商業(yè)發(fā)展以及流通領域節(jié)能降耗工作，指導流通企業(yè)改革；負責餐飲業(yè)、住宿業(yè)、國內展覽業(yè)等商貿服務業(yè)的行業(yè)管理；按有關規(guī)定對成品油流通進行監(jiān)督管理；指導再生資源回收管理工作。

（八）開發(fā)區(qū)處（服務外包處）

牽頭擬訂促進開發(fā)區(qū)建設的政策措施，承擔協調、指導、服務全市省級以上開發(fā)區(qū)工作；承擔全市省級以上開發(fā)區(qū)設立（撤銷）或調整的申報、審核、報批工作；指導全市開發(fā)區(qū)編制發(fā)展規(guī)劃；指導全市開發(fā)區(qū)創(chuàng)建特色和功能園區(qū)；指導開發(fā)區(qū)開展爭先創(chuàng)優(yōu)和跨區(qū)合作開發(fā)；研究開發(fā)區(qū)發(fā)展動態(tài)，統計分析和綜合評價開發(fā)區(qū)建設情況；研究開發(fā)區(qū)建設的重大問題，提出意見建議；承擔全市海關特定監(jiān)管區(qū)域需要協調解決的有關工作。

擬訂促進全市服務外包發(fā)展的政策意見，承擔全市服務外包產業(yè)發(fā)展的組織推進和指導服務工作；承擔全市服務外包發(fā)展規(guī)劃編制和組織實施工作；承擔市級服務外包企業(yè)和人才培訓基地的認定工作；承擔全市服務外包宣傳推介、展覽展示、境內外專題招商引資工作；推進服務外包公共服務平臺建設；承擔全市服務外包統計和分析評價工作；承擔全市省級國際服務外包示范區(qū)、人才培訓基地和服務平臺、專項扶持資金的申報工作；承擔市促進服務外包發(fā)展領導小組辦公室的日常工作。

（九）對外貿易處（服務貿易處、產業(yè)損害調查處）

擬訂并組織實施全市貨物貿易、服務貿易發(fā)展規(guī)劃、政策措施；推進對外貿易以質取勝和市場多元化戰(zhàn)略；組織實施交易會、洽談會等外貿促進活動，推進外貿促進體系建設；推進外貿發(fā)展環(huán)境建設；承擔貨物貿易、服務貿易進出口統計和運行分析；承擔重要工業(yè)品、原材料和重要農產品進出口計劃編報、申請和組織實施工作；承擔進出口商品配額、關稅配額計劃編報、申請和組織實施工作；承擔進出口許可證管理的有關工作；根據委托，負責對外貿易經營者備案登記的有關工作；規(guī)范外貿經營秩序，推進進出口貿易標準化和外貿信用體系建設；負責協調處理涉外貿易糾紛；推進對外貿易服務信息平臺建設，促進國際電子商務發(fā)展；承擔服務貿易促進、技術進出口管理工作；指導全市國際貨物運輸代理企業(yè)相關工作；按分工承擔涉外知識產權相關工作；負責進出口公平貿易的相關工作；建立進出口公平貿易預警機制；指導企業(yè)參加出口商品的反傾銷、反補貼和保障措施的應訴及相關工作；負責產業(yè)損害調查工作；貫徹執(zhí)行國家有關反傾銷、反補貼和保障措施的法律、法規(guī)及政策；建立產業(yè)損害預警機制；指導企業(yè)開展反壟斷調查工作。

（十）機電和科技產業(yè)處（市機電產品進出口辦公室）

擬定我市機電產品和高新技術產品進出口、成套設備出口工作的政策措施；承擔機電產品、高新技術產品出口體系建設和貿易促進工作；負責授權內的機電產品進口許可管理工作，依法核準（初審）機電產品自動進口許可證（進口許可證）；承擔加工貿易、機電產品進出口和機電產品國際招標管理工作；承擔內貿行業(yè)項目招投標活動的監(jiān)督管理；執(zhí)行國家進出口管制政策，根據委托承擔兩用物項和技術進出口許可管理工作。

（十一）外國投資管理處

擬訂全市外商投資政策措施；研究全市外商投資情況并上報動態(tài)和建議；負責指導、協調、管理全市利用外資工作；承擔市招商引資推進辦公室職責，負責全市利用外資的組織推進和考核督查工作；依法審批或報批外商投資企業(yè)的設立及變更事項；依法監(jiān)督檢查外商投資企業(yè)執(zhí)行有關法律法規(guī)和合同章程情況；指導縣（市）外商投資企業(yè)審批工作；協調處理有關外商投資企業(yè)在投資及合資、合作中的矛盾和糾紛；負責對全市重大外商投資項目進展情況的調查和跟蹤；負責利用外資的統計和政策咨詢工作；研究提出改善投資環(huán)境的建議。

（十二）投資促進處

擬訂全市境內外招商活動計劃并組織實施；研究全市對外招商工作并提出建議和措施；負責與各國政府經濟主管部門及各類投資促進機構的聯系工作；負責與世界500強及國內外知名企業(yè)建立溝通和聯系；承擔重要外商及經貿團組來訪的接待和洽談工作；承擔全市海外招商網絡的建設和管理工作；為各縣（市）區(qū)推薦有效投資項目信息；擬訂全市招商引資培訓計劃并組織實施；承擔市級招商資料的策劃、編印和南通招商網的日常維護工作。

（十三）對外投資和經濟合作處

擬訂和執(zhí)行全市對外經濟合作的政策措施；依法管理和監(jiān)督對外投資、對外承包工程、對外勞務合作、境外就業(yè)等對外合作業(yè)務；承擔全市外派勞務和境外就業(yè)人員的權益保護相關工作；審核報批對外承包工程、對外勞務合作和出境就業(yè)經營資格；承擔對外承包工程、對外勞務合作項目審查和外派勞務招收備案工作；審核報批企業(yè)在境外投資開辦貿易和非貿易企業(yè)及機構（金融企業(yè)除外）；指導管理全市外派勞務培訓工作；管理全市外派勞務服務中心工作；承擔對外援助和接受多（雙）邊對我市的無償援助及贈款的管理；推進我市對外經濟合作的促進和服務體系建設；指導市對外經濟技術合作協會工作。

（十四）口岸運行管理處

負責全市新增口岸開放、擴大開放、臨時開放的報批和組織驗收；負責已開放水域內新建碼頭對外開放的審查、驗收和報批；協助組織開辟國際空港客運、貨運臨時航班和定期航班、航線，協同承辦機場對外合作事務；負責鐵路口岸對外開放的報批和驗收，負責水鐵聯運口岸事務協調與管理；負責口岸聯合辦公中心的綜合管理；負責國際集裝箱運輸的協調，組織實施集裝箱運輸聯合辦公；負責開放區(qū)域內臨時靠泊、u201c三超船舶u201d進出口岸以及非開放區(qū)域臨時進出外輪的審查和報批；參與設立海關特殊監(jiān)管區(qū)域報批等相關工作；協調處理口岸涉外事務，會同相關部門對口岸環(huán)境進行聯合整治；指導全市口岸企業(yè)業(yè)務工作，協調相關單位間的協作，規(guī)范口岸市場運行秩序；負責口岸運行情況的統計分析上報。

（十五）口岸綜合協調處

負責檢查、監(jiān)督口岸查驗部門依法履行職責有關工作；負責研究制定全市口岸發(fā)展規(guī)劃和年度計劃，組織實施推進；負責全市電子口岸建設與運行管理；歸口協調口岸查驗單位需要地方政府解決的問題；統籌協調并督促落實口岸查驗配套設施的規(guī)劃和建設；負責全市口岸u201c大通關u201d協調服務，推進口岸查驗單位聯動協作，優(yōu)化口岸環(huán)境；負責全市共建文明口岸計劃制定，組織開展系列共建活動；承辦口岸管理方面的文電、信息、會務、調研工作。

另按有關規(guī)定設立機關黨委。