根據上述職責，市商務局設10個內設機構：

（一）辦公室

負責文電、會務、機要、檔案等機關日常工作；起草綜合性文件；承擔信息、安全、保密、信訪、政務公開等工作。

承擔機關、下屬事業單位機構編制、人事勞資、教育培訓等工作；負責局機關崗位考勤以及工青婦、計劃生育工作；負責局機關和下屬事業單位離退休人員的管理工作；負責局機關黨群工作。

（二）對外貿易科

擬訂全市進出口貿易發展戰略、規劃并組織實施；負責進出口商品配額、許可證的申報工作；組織有關企業參加國家進出口商品配額招標工作；依法辦理加工貿易批準證；組織參加境內外各種商品交易會；負責實施對外貿易經營資格的備案登記；協調指導外貿促進體系建設；監測、分析全市對外貿易運行狀況，研究外貿運行中出現的重大問題，提出相關措施建議；對外貿易進出口的統計分析及信息發布；指導、督促對外貿易、出口加工企業的安全生產管理。

（三）外國投資管理科

指導協調全市外商投資工作；負責外商投資企業設立和變更審批管理；協調外資企業在生產、經營中出現的重大問題及投資各方的糾紛；承擔全市利用外資的統計及上報工作；負責外商投資企業聯合年檢工作；負責全市利用外國政府和國際金融組織貸款的初審及轉報工作。

（四）商貿服務管理科

承擔全市商貿服務業(含餐飲業、住宿業)的行業管理工作；按照有關規定對成品油流通進行監督管理；指導社區商業發展、流通領域節能降耗、再生資源回收工作；負責全市商貿、流通服務行業安全管理工作，制定并組織實施商貿、流通服務行業企業事故防范措施和安全生產檢查。

（五）市場運行調節科

監測分析市場運行、商品供求狀況，調查分析商品價格信息，進行預測預警和信息引導；承擔建立健全生活必需品市場供應應急管理機制相關工作；承擔重要消費品儲備(肉類、食糖及部分生活必需品等)管理和市場調控的有關工作；承擔酒類流通管理工作。

（六）市場體系建設科

貫徹執行市場體系的地方性法規和實施細則；推進流通標準化；組織規范零售企業促銷行為；貫徹實施引導區內外資金投向市場體系建設的政策；指導大宗產品批發市場規劃和城市商業網點規劃、商業體系建設和內外貿一體化區域性商貿物流基地建設工作；推動農村市場和農產品流通體系建設；按有關規定對拍賣、典當、租賃、汽車流通行業等進行監督管理；指導報廢汽車管理、老舊汽車更新。

（七）市場秩序科

組織協調全市整頓和規范市場經濟秩序的相關工作；推動商務領域信用體系建設，指導商業信用銷售，建立市場誠信公共服務平臺，推進商務綜合行政執法工作；貫徹執行國家自治區藥品流通行業發展規劃、行業標準和有關政策，配合實施國家基本藥物制度，提高行業組織化程度和現代化水平，逐步建立藥品流通行業統計制度，推進行業信用體系建設，指導行業協會實行行業自律，開展行業培訓，加強國際合作與交流；參與組織打擊商務領域侵犯知識產權和商業欺詐的專項整治工作；承擔畜禽屠宰行業管理工作。

（八）口岸管理科(貴港市口岸辦公室)

貫徹執行國家及自治區有關口岸工作的方針、政策和規定；擬訂全市口岸發展規劃并組織實施；協調組織口岸的集疏運工作，保證口岸安全暢通；負責協調處理口岸各單位工作之間的矛盾；監督口岸各單位執行和遵守國家的涉外政策、紀律和各項法律法規。

（九）政策法規科

研究商務領域發展趨勢，并提出政策建議；組織開展反傾銷、反補貼、保障措施的實施及與進出口公平貿易相關工作；協調商務領域反壟斷調查，組織企業進行反壟斷申訴；組織開展產業損害調查和維護產業安全的相關工作；負責局機關依法行政等工作。

（十）財務科

負責管理各項內外貿發展專項資金使用和局機關行政經費等；統籌管理機關行政經費及各項業務專項經費等；編報機關及下屬事業單位預決算；負責本部門的資產管理、內部審計監督和下屬單位負責人經濟責任審計工作。