由于從前我國的信托投資公司作為地方政府的第二財政，或者作為產業集團公司的投融資工具，加上原先監管機構對其定位從事銀行業務，遺留了不少問題。雖然第五次整頓將其定位于從事真正的信托業務，并且《信托法》和《信托投資公司管理辦法》都規定了受托人不得利用信托財產為自己謀利益，要對受益人履行誠實、信用、謹慎、有效管理的義務，但是由于公司內部治理結構天生的缺陷和缺少有效的外部監督，使得有些信托投資公司利用信托財產謀取自己的私利，主要表現在：一是利用不當關聯交易，對實際控制人進行利益輸出，或者掩蓋風險，或者抽逃資本金。所謂不當關聯交易就是不經過委托人和受益人同意，不進行充分的信息披露，不以公平價格，將信托財產與固有財產、不同的信托財產、固有財產與關聯方和信托財產與關聯方進行交易。二是將超過信托合同約定產生的信托財產收益化為信托投資公司的收益。一般信托投資公司收取的信托報酬為信托收入的1% ，或者采取分級收取信托報酬，除去成本，信托報酬產生的利潤非常微薄。委托人和受益人往往誤將信托產品的預期收益率為固定收益率，一些信托投資公司就利用此點把超過信托合同的實際收益化為固有財產。三是挪用信托資金進行投資。

因為信托產品跨機構跨市場，形成了一個較長的金融產品鏈，涉及很多利益主體，很容易將其中一環的其他主體和市場產生的信用風險、市場風險、操作風險、法律風險、政策風險傳染到信托產品。當然信托產品的風險也能夠傳染給其他金融機構和金融市場。例如，根據銀監會的統計，由于股票市場本身的各種風險，導致部分進行股票投資的信托產品不能按時兌付，2005年5月末占全部未兌付信托產品的11% 。

這首先表現在最近兩年一些信托產品本身就是規避監管、利用制度缺陷進行創新而設計出來的，如一些進行股權投資的房地產信托產品、信托資產轉讓信托產品、信貸資產證券化，就是滿足項目資本金要求、滿足流動性比例、滿足資本充足率等監管要求和受到宏觀調控運應而生的。其次是一些信托產品是以土地、財政收入作擔保進行信用增級的。而政策和法律在這些方面的規定是不完善的，極易造成擔保無效和非法。2005年中央政府進行宏觀調控，收緊地根，使得土地不能變現交易，或者財產收入擔保沒有進入預算，或者財政收入不足，導致擔保無效，或者不合法。再次是法律和政策沒有規定，缺乏配套措施。如有的信托產品以財產受益權設計信托計劃以處置爛尾樓、投資房地產開發，意味著財產所有權的變更。按照有關房地產所有權變更登記的規定，要支付3%的契稅，如果雙方平攤意味著融資成本的提高。對信托公司而言，收取手續費才1%，而支付的手續費高達1.5%。況且，一旦發生法律糾紛，沒有登記過戶的房地產沒有抗辯權，也就難以保證信托財產的獨立性、強制執行的禁止和風險隔離。

信托投資公司發行的信托產品投資的領域非常廣，投資的方式非常靈活，但大部分是以貸款和股權投資方式運用于基礎設施、房地產開發。投資領域廣，投資方式靈活，需要多方面的專業技術知識和專業的風險管理能力，信托投資公司雖然擁有風險管理能力，但往往準備不足，經驗不夠。如房地產項目由于政策變化，風險高，信托產品存續期間沒有現金流，或者項目本身階段性產生的現金流不足以還本付息，銀行不做，開發商才找信托投資公司進行融資的。信托投資公司對于政策不僅沒有足夠的風險分析，而且對于房地產領域的專業知識也非常欠缺，從而導致風險管理能力低下。據銀監會統計，到2005年5月底，不能兌付的房地產類信托產品占全部不能兌付信托產品的61% 。

根據《信托投資公司管理辦法》，信托投資公司不得發行委托投資憑證、代理投資憑證、收益憑證、有價證券代保管單。這意味著現有的信托受益權只能以合同而不是信托受益憑證方式成立，且不能標準化分割。信托合同的私募性質和200份限制，使得信托產品二級市場交易成本極高。現有的網上轉讓、銀行質押貸款等轉讓方式無法滿足流動性的需求。信托產品缺乏流動性使得與其他金融產品缺少套利空間，也就是信托產品可以向其他金融產品套利，而其他金融產品無法向信托產品套利。這不利于信托產品的優化配置資源和價格發現，成為集聚風險的u201c洼地u201d。