海關對保稅工廠及其進出貨物管理制度統稱保稅工廠制度。主要內容有：

保稅工廠為外商加工、裝配成品和為制造出口產品而進口的原材料、元器件、零部件、配套件、輔料、包裝物料以及加工過程中直接消耗的數量合理的化學物品，準予緩辦進口納稅手續，加工后產品出口，按實際加工出口成品所耗用的進口料、件免征關稅及增值稅，即保稅工廠進口的料件可享受全額保稅的優惠，待加工成品出口后按實際耗用的進口料件免稅。

建立保稅工廠必須具有專門加工、制造出口產品的設施，擁有專門貯存、堆放進口貨物和出口成品的倉庫，建立專門記錄出口產品生產、銷售、庫存等情況的帳冊以及有專人負責管理保稅貨物和保稅倉庫及有關帳冊。凡經國家批準有權經營進出口業務的企業或具有法人資格的承接進口料、件加工復出口的出口生產企業，均可向主管地海關申請建立保稅工廠。經海關實地調查認定具備建廠條件予以批準后，發給《加工貿易保稅工廠登記證書》。

保稅工廠進口料、件和出口成品時，由經營人或其代理人填寫專用進出口貨物保管單一式四份，并在右上角加蓋u201c保稅工廠貨物u201d戳記，隨附有關單證和來料加工或進料加工登記手冊，向進出境地海關報關。經海關審核后，將其中一份寄送主管海關，另一份由海關簽印后，退回申報人交保稅工廠留存備查。保稅工廠進口的料、件的登記備案和核銷根據貿易性質而定，分別按來料加工或進料加工料件管理的有關規定辦理。