一、保稅倉庫貨物進口
    貨物入境后、貨物所有人應向海關申報，填寫進口貨物報關單一式六份(留存一份、申報環節收二份、退三份給貨主)，附上進口合同或發票，先到主管保稅倉庫部門批注，同意進入保稅倉庫，并蓋上“保稅倉庫貨物”印戳，然后到申報環節報關，貿易方式應填寫“保稅倉庫貨物”，查難放行后，貨物存入海關認定的保稅倉庫。并將貨物的品名、數量、記入專帳。
    如果保稅倉庫貨物從異地口岸入境，貨物所有人應向主管海關貨管部門辦理轉關運輸申請聯系單，把貨物轉到所在地海關報關。
    二、保稅倉庫貨物出庫
    1.從保稅倉庫提取貨物用于進料加工生產成品復進口時，經營單位應按照辦理進料加工程序辦理。首先填寫“保稅倉庫領料核準單”，并附上出口合同，經主管保稅倉庫的部門批準后，然后憑出口合同，保稅倉庫領料單（視同進口合同）到經貿部門辦理合同備案批件。
    2.憑經貿部門的合同備案批件、出口合同、領料核準單到海關加工貿易備案部門辦理加工貿易合同備案手續，到指定的中國銀行開設保證金臺帳后，海關簽發手冊。
    3.憑加工貿易登記手冊、保稅倉庫貨物領料單，到申報環節報關，貿易方式應填寫“進料加工”，與第一次報關入庫的貿易方式不一樣，這次報關后，不用查驗放行，直接從保稅倉庫領料用于生產環節。
    三、保稅倉庫貨物的核銷
    保稅倉庫貨物應按月向主管海關辦理核銷。經營單位于每月初五日前將上月所發生的保稅倉庫貨物入庫、出庫、結存等情況列表報海關。并附經海關簽放行章的進口報關單，及相應的發票，領料核準單及出庫報關單，經核實無誤后予以核銷。并在一份報表上加蓋“保稅貨物核銷章”認可，退回經營單位留存。
    四、加工貿易手冊核銷
    合同執行完畢后一個月內，經營單位應持“登記手冊、進出口報關單，料件使用情況表”，向海關辦理核銷手續，海關簽發核銷結案通知單。