第一章分冊的核發
第一條企業申領總冊后方可向海關保稅部門申請分冊。
第二條企業填寫《加工貿易分冊申請表》一式兩份，一份交預錄入公司錄入并簽章后交海關，另一份企業留存。
第三條企業持下列資料向海關保稅部門申請分冊：
1．經企業簽章的《加工貿易分冊申請表》；
2．經預錄入打印的《加工貿易分冊預錄入呈報表》；
3．海關核發的總冊；
4．與總冊的相同類型的《登記手冊》（未使用）；
5．海關需要的其他單證。
第四條海關備案人員應認真審核企業所遞交的資料，經三級審批后由初審、復審人員在計算機內通過初審、復審操作，產生分冊，并打印《加工貿易手冊備案分冊表》，在分冊的《加工貿易登記手冊》海關審批欄內簽字。
第五條海關簽章人員應在分冊的《加工貿易登記手冊》海關審批欄內加蓋單證專用章（防偽印油），總冊與分冊加蓋騎縫章，《加工貿易手冊備案分冊表》與分冊和加蓋騎縫章，加貼防偽標簽，核發手冊，將總冊退還企業，按規定進行簽收登記并將其他單證歸入總冊檔案。

第二章分冊的變更
第六條分冊進口和出口商品的序號、品名、規格型號、計量單位不得變更。
第七條分冊發表變更，企業應填寫《加工貿易分冊變更申請表》一式兩份，經企業蓋章后，一份交預錄入部門錄入并交海關保稅部門憑以辦理分冊變更手續，另一份由企業留存。
第八條辦理分冊變更手續時，企業應持以下單證向海關保稅部門提出申請：
1．經企業簽章的《加工貿易分冊變更申請表》；
2．《加工貿易分冊變更預錄入呈報表》；
3．海關核發的分冊；
4．海關需要的其他單證。
第九條海關備案人員應認真審核企業所遞交的單證資料，經三級審批后，由初審，復審人員在計算機內通過初審，復審操作，對分冊進行變更，并打印出《加工貿易手冊備案分冊變更表》。
第十條海關簽章人員應在《加工貿易手冊備案分冊變更表》與分冊間加蓋騎縫章。
第十一條海關人員將變更后的分冊退還企業，憑以辦理保稅貨物報關手續，其他單證歸入總冊檔案。

第三章分冊的傳輸
第十二條擬發分冊前或分冊變更后，涉及異地口岸的，應由海關異地傳輸人員利用合同異地傳輸（整份傳輸）功能將分冊傳輸到異地口岸。異地傳輸成功后方可將分冊核發給企業憑以到異地口岸辦理報送手續。

第四章分冊的使用
第十三條企業使用分冊辦理報送手續時，應向報送地海關提供以下單證：
1．報送地、主管海關核發的分冊；
2．已預錄入的進口或出口貨物報送單；
3．海關需要的其他單證。
第十四條海關審單人員應認真審核企業所遞交的單證，并核對主管海關通過網絡傳輸的分冊備案資料，如果電腦內沒有分冊資料或分冊內容與企業申報不符，不接受企業申報，予以退單。
第十五條海關審單人員確認企業遞交的單證齊全、數據相符后，按規定辦理審單手續。
第十六條口岸海關對符合規定要求的，按規定予以辦理審單、查驗、放行、結關手續，并按規定要求將報關單（主管海關聯）做關封郵寄回主管海關，如果為本地企業報關，將報關單（主管海關聯）移交后歸入總冊檔案。
第五章分冊的核銷
第十七條總冊最后一批產品出口完畢或合同有效期屆滿后1個月內，企業應持下列單證向海關保稅部門申請核銷：
1．總冊及所有分冊；
2．企業填寫并簽章的核銷申請表；
3．海關需要的其他單證。
第十八條海關核銷人員應認真審核企業遞交的單證，通過報核操作。
第十九條核銷初審、復審人員應核對總冊、分冊、報關單與計算機內的報關單核注信息，計算機內無報關單核注信息的，應通過其他渠道確認報關單真實可靠后，利用報關單補核注功能將報關單補輸入計算機內。
第二十條計算機產生核銷核算算表，核銷人員應嚴格按照核銷的有關規定，經三級審批后，將總冊與分冊一并予以核銷結案。
第二十一條本操作流程由海關總署負責解釋。