保密審查員對確定需要保密的專利申請案卷做出保密標記，建立保密案卷位置狀態卡，在計算機系統中做出處理，在對該專利申請作出解密決定之前，對其進行管理。
保密專利申請的初步審查和實質審查均由國家知識產權局專利局指定的審查員進行。初步審查按照與一般發明專利申請相同的基準進行，初步審查合格的保密專利申請不予公布，已有實質審查請求并繳納實質審查費的，直接進入實質審查程序。
實質審查按照與一般發明專利申請相同的基準進行。經實質審查沒有發現駁回理由的，作出授予專利權通知，并由保密審查員通知申請人辦理專利權登記手續。
保密專利申請的授權公告僅公布專利分類號、專利號、專利申請日和授權公告日。