第一條為了實施海關對來往香港、澳門小型船舶（以下簡稱小型船舶）及所載貨物的監管，根據《中華人民共和國海關法》和其他有關法律、法規，制定本辦法。
第二條小型船舶經營企業應當按照本辦法辦理海關登記備案手續。
第三條小型船舶登記備案按照屬地原則進行。小型船舶經營企業應當到所在地主管海關辦理有關手續。
第四條小型船舶辦理登記備案時，由船舶經營企業提出書面申請，向海關遞交《來往港澳小型船舶登記備案表》、船舶正、兩側面彩色照片各三張和下列文件（副本或者復印件）：
（一）交通主管部門的批準文件；
（二）船舶檢驗證書；
（三）船員清單；
（四）船舶營業運輸證；
（五）船舶國籍證書；
（六）擔保文件（海關監管風險擔保書）；
（七）海關需要的其他證件。
第五條小型船舶的船體內不得設置暗格、夾層等藏匿物品的場所。不符合海關監管要求的小型船舶，海關不予辦理登記備案。
第六條對符合條件的，由海關核發《來往港澳小型船舶登記備案證書》（簡稱《備案證書》）、《來往港澳小型船舶進出境（港）海關監管簿》（以下簡稱《海關監管簿》）。
第七條小型船舶如需到其他關區管轄的港口裝卸進出境貨物，船舶經營企業應當憑交通主管部門的批準文件和原注冊海關的批準文件到有關海關辦理異地備案手續。
第八條小型船舶未經海關登記備案的，不得從事進出境運輸業務。
第九條小型船舶的經營企業應當在每年3月31日前向原登記備案海關提交下列文件，辦理年審手續：
（一）年審報告書；
（二）備案證書；
（三）《海關監管簿》；
（四）海關監管需要的其他文件。
年審報告書應當包括下列內容：上一年度的年貨運量、航次等業務情況的、遵守海關各項規定及經營管理等情況。
未到海關年審或者年審不合格的，不得繼續從事進出境運
輸。
第十條小型船舶經營企業在海關登記備案的船舶名稱、經營航線、法定代表人、地址、企業性質等內容變更的，應當持書面申請到原登記備案海關和異地備案海關辦理變更手續。
第十一條小型船舶違反本辦法的，由海關處3萬元以下罰款。
小型船舶參與走私活動，情節嚴重的，收回《登記證書》和《海關監管簿》，同時將有關情況通報交通主管部門。
　　第十二條本辦法由海關總署負責解釋。
第十三條本辦法自1998年11月1日起實施。