一、報關單位管理
根據《海關法》和《海關對報關單位注冊登記管理規定》(署令第127號)，報關單位是指在海關注冊登記的報關企業和進出口貨物收發貨人(即一般進出口企業)。
(一)報關單位注冊登記
《海關法》規定，進出口貨物收發貨人、報關企業辦理報關手續，必須依法經海關注冊登記。報關人員必須依法取得報關從業資格。未依法經海關注冊登記的企業和未依法取得報關從業資格的人員，不得從事報關業務。報關企業和進出口貨物收發貨人違反《海關對報關單位注冊登記管理規定》(署令第127號)的，海關按照《海關法》、《海關行政處罰實施條例》等有關規定予以處理；構成犯罪的，依法追究刑事責任。
(二)企業分類管理
根據《海關對企業實施分類管理辦法》(署令第71號)的規定，海關根據企業的經營管理狀況、報關情況、遵守海關法律法規情況等，對企業實施動態的分類管理，設置A、 B、C、 D四個管理類別。對符合A類管理標準，并經申請被海關評為A類管理的企業，海關在對其實行常規管理制度的基礎上，提供優先申報、優先查驗、優先放行、憑保函驗放等通關便利；對因有違法違規和不規范經營記錄而被評定為C、 D類管理的企業，海關采取一定的措施實施重點監管；對B類管理企業，海關實施常規管理。海關對企業實施分類管理以“守法便利”為核心原則，對守法企業提供通關便利，如實施A類管理是企業評定為“紅”名單企業、申請加工貿易聯網監管、適用便捷通關等優惠措施的先決條件。
(三)進出口企業“紅、黑”名單評定和公布制度
評定和公布進出口企業“紅、黑”名單，是海關根據進出口企業守法狀況和水平采取的一種內部管理措施，不需企業提出申請，公布后不發任何證明文件。海關總署定期在評定年度的第一季度評定并在相關媒體上正式對外公布進出口企業“紅、黑”名單。海關對“紅名單”企業給予所有按規定可享受的通關便利措施，對“黑名單”企業調整為D類管理。
二、進出口貨物通關
企業進出口活動應遵循“守法經營、誠實守信”的經營理念，遵守國家關于進出口方面的法律法規，切實做到以下幾點：
(一)如實申報
企業向海關申請辦理貨物通關手續，應按規定格式(進出口貨物報關單)真實、準確地填報與貨物有關的各項內容，做到兩個相符：一是單證相符，即報關單內容與合同、許可證件、發票、裝箱單、提運單等有關證件相符。二是單貨相符，即報關單所報內容與實際進出口貨物情況相符。特別是貨物的品名、數量、規格、價格、原產國別、貿易方式、消費國別、貿易國別等內容必須真實。電子艙單數據必須真實、規范、準確，并與書面艙單內容完全一致。海關將依法對申報內容和貨物進行審核和查驗。
(二)依法納稅
國家賦予海關依法對進出口貨物、進出境物品征收關稅和進出口環節稅的權利，進出口貨物的收發貨人或其代理人負有交納關稅及進出口環節稅的義務。納稅義務人若違反有關法律、行政法規規定，采取各種方式偷逃應納稅款，構成走私或者違反海關監管規定行為的，依照《中華人民共和國刑法》、《中華人民共和國海關法》和其他有關法律、行政法規的規定處理。
需注意的問題：一是關于完稅價格的確定。進口貨物的完稅價格，由海關以該貨物的成交價格為基礎審查確定，并應當包括貨物運抵中華人民共和國境內輸入地點起卸前的運輸及其相關費用、保險費。出口貨物的完稅價格包括貨物的貨價、貨物運至中華人民共和國境內輸出地點裝載前的運輸及其相關費用、保險費，但其中包含的出口關稅稅額應當扣除。進口貨物的成交價格是指買方為購買該貨物實付或應付價格，包括買方向賣方或為履行賣方義務向第三方直接或間接支付的全部款項。此外，在確定進口貨物的完稅價格時，下列費用或價值也應當計入：1、由買方負擔的以下費用：除購貨傭金以外的傭金和經紀費、與該貨物視為一體的容器費用、包裝材料和包裝勞務費用；2、與該貨物有關并作為賣方向中華人民共和國銷售該貨物的一項條件，應當由買方直接或間接支付的特許權使用費;3、賣方直接或間接從買方對該貨物進口后轉售、處置或使用所得中獲得的收益。《海關審定進出口貨物完稅價格辦法》規定，在不能按進口貨物成交價格確定完稅價格時，海關有權提出質疑，并可以依次使用相同貨物成交價格方法、類似貨物成交價格方法、倒扣價格方法、計算價格方法及其他合理方法估定完稅價格。同時，海關可以與進出口貨物的收發貨人進行價格磋商。
二是海關稅費的補征和追征。進出口貨物放行后，海關發現少征或者漏征稅款的，應當自繳納稅款或者貨物放行之日起1年內，向納稅義務人補征稅款。因納稅義務人違反規定而造成的少征或者漏征，海關在3年以內可以追征。海關多征的稅款，海關發現后應當立即退還；納稅義務人自繳納稅款之日起1年內，可以要求海關退還。

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