2009年2月1日起，《中華人民共和國海關進出口貨物減免稅管理辦法》（海關總署第179號令，以下簡稱《辦法》）正式施行。為便于廣大相對人更好地理解《辦法》，自覺履行相關義務，加強在辦理進出口減免稅業務中維護自身權利的能力，同時也為了進一步提高各級海關減免稅業務執法水平，起草了《辦法》解讀。
一、制定《辦法》的必要性
海關減免稅管理是指海關根據有關法律法規和國家進出口稅收優惠政策的規定，對可以減征或者免征關稅、進口環節海關代征稅（以下簡稱減免稅）的進出口貨物進行審批和進口后的監督管理。海關減免稅管理工作具有較強的政策性，是海關關稅工作的重要組成部分。經過多年實踐，海關減免稅工作已經初步建立起一套行之有效的管理制度和操作規范，但由于有關制度、規范分布在眾多的規范性文件中，未形成一個系統性的部門規章，權威性和規范性不足。而且，隨著我國社會經濟的發展，各種新的經濟現象和生產經營活動不斷涌現，其中企業轉制、股權變更、減免稅設備抵押貸款等情況越來越多，現行有關規定并未涵蓋上述內容，迫切需要對這些情況實施的海關管理行為進一步規范化，提高執法尺度統一性。另一方面，在執行減免稅政策中強化對行政相對人權利的保障，明示行政相對人的義務，加強海關執法透明度，明確減免稅申請辦理程序和時限要求，也需要有較高層級的規章制度對有關內容予以明確。為此，依照《中華人民共和國海關法》（以下簡稱《海關法》）、《中華人民共和國進出口關稅條例》（以下簡稱《關稅條例》）及有關法律法規，制定了《辦法》。
二、《辦法》的框架結構與主要內容
《辦法》共分為七章54條。第一章總則（第一條至第五條），明確了《辦法》的制定目的與依據、適用范圍、管轄地原則、減免稅申請人的辦理資格等規定；第二章減免稅備案（第六條至第十條），明確了減免稅備案為部分減免稅審批的前置要求、減免稅備案申請程序、減免稅備案受理規定等事項；第三章減免稅審批（第十一條至第十八條），明確了減免稅審批申請時限要求、申請提交材料要求、海關審核要求和《中華人民共和國海關進出口貨物征免稅證明》（以下簡稱《征免稅證明》）的相關規定等事項；第四章減免稅貨物稅款擔保（第十九條至第二十五條），明確了稅款擔保申請條件、申請時限、海關受理稅款擔保申請的處理時限、稅款擔保延期申請規定等事項；第五章減免稅貨物的處置（第二十六條至第三十五條），明確了減免稅貨物進口后的海關監管要求、申請辦理減免貨物轉讓、移作他用、貸款抵押等事項；第六章減免稅貨物的管理（第三十六條至第四十九條），規定了減免稅貨物的監管年限、減免稅申請人年度報告貨物使用情況、減免稅貨物異地監管、出口退運、解除監管、補稅以及減免稅申請人主體變更的原則要求等事項；第七章附則（第五十條至第五十四條），明確了處罰規定、《辦法》有關用語的定義、施行日期等內容。
另外，辦法中所列文書的格式由海關總署以公告形式對外公布。
三、《辦法》規范的內容
除了極少數由有關法律法規規定的進出口減免稅優惠措施外，目前我國正在執行的進出口減免稅優惠措施大多數屬于政策性減免稅，即由國務院批準制定的進出口減免稅優惠措施。進出口減免稅優惠措施由海關負責具體實施，海關在執行減免稅優惠措施時，既有實體的政策性問題，也有程序性問題。而政策性減免稅規定主要由國務院根據社會經濟發展形勢、進出口貿易狀況、社會福利事業發展、產業結構調整要求等因素制定的，這些減免稅優惠規定在實施期限、優惠范圍、優惠程度和優惠方式等方面發生調整的可能性較大，具有較大的不確定性。因此，《辦法》主要是規范進出口減免稅業務管理的相關程序，同時對各種減免稅優惠措施普遍適用、且屬于海關職權范圍內執行進出口減免稅優惠措施的實體內容（基本上為減免稅貨物進口后的管理要求)予以規范。
四、《辦法》的適用范圍
《辦法》適用的對象首先是進出口貨物，不包括行郵物品等各類進出境物品；其次是可以享受減征或者免征關稅、進口環節海關代征稅優惠待遇的進出口貨物，不包括照章征稅和保稅貨物；對于關稅、進口環節增值稅或者消費稅稅額在人民幣50元以下的一票貨物、無商業價值的廣告品和貨樣等部分法律法規規定的減免稅事項，按照《中華人民共和國海關進出口貨物征稅管理辦法》（海關總署令第127號公布）規定，無需按照《辦法》要求辦理減免稅審批手續，可以在進出口通關環節直接辦理有關手續。
五、關于減免稅申請人的主管海關
出于便利減免稅申請人向海關申請辦理減免稅手續，以及海關對減免稅貨物進口后方便開展后續監管的需要，《辦法》明確了減免稅申請人所在地海關為受理減免稅申請的主管海關的基本原則。同時，與其它減免稅事項相比，投資項目的建設情況較為復雜，為此，在《辦法》第三條第二、三、四款專門就特殊情況下的投資項目減免稅申請人的管轄地原則進行了明確，一是投資項目所在地與減免稅申請人所在地海關不是同一海關的，由投資項目所在地海關負責受理減免稅備案、審批申請；二是投資項目涉及多個海關的，由有關海關的共同上級海關（直屬海關的共同上級海關為海關總署，隸屬海關的共同上級海關為直屬海關）指定受理減免稅備案、審批申請的主管海關；三是投資項目由項目單位所屬非法人分支機構具體實施的，在投資項目所在地辦理工商注冊登記的非法人分支機構獲得項目單位授權后，投資項目所在地海關可以作為主管海關受理非法人分支機構的減免稅備案、審批申請以及負責減免稅貨物進口后的后續管理。

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