報關工作的全部程序分為申報、查驗、放行三個階段。

　　(一)進出口貨物的申報

　　進出口貨物的收、發貨人或者他們的代理人，在貨物進出口時，應在海關規定的期限內，按海關規定的格式填寫進出口貨物報關單，隨附有關的貨運、商業單據，同時提供批準貨物進出口的證件，向海關申報。報關的主要單證有以下幾種：

　　進口貨物報關單。一般填寫一式二份(北京海關要求報關單份數為三份)。報關單填報項目要準確、齊全、字跡清楚，不能用鉛筆;報關單內各欄目，凡海關規定有統計代號的，以及稅則號列及稅率一項，由報關員用紅筆填寫;每份報關單限填報四項貨物;如發現情況有無或其他情況需變更填報內容的，應主動、及時向海關遞交更改單。

　　出口貨物報關單。一般填寫一式兩份(北京海關要求三份)。填單要求與進口貨物報關單基本相同。如因填報有誤或需變更填報內容而未主動、及時更改的，出口報關后發生退關情況，報關單位應在三天內向海關辦理更正手續。

　　隨報關單交驗的貨運、商業單據。任何進出口貨物通過海關，都必須在向海關遞交以填好的報關單的同時，交驗有關的貨運和商業單據，接受海關審核諸種單證是否一致，并由海關審核后加蓋印章，作為提取或發運貨物的憑證。隨報關單同時交驗的貨運和商業單據有：海運進口提貨單;海運出口裝貨單(需報關單位蓋章);陸、空運運單;貨物的發票(其份數比報關單少一份，需報關單位蓋章等);貨物的裝箱單(其份數與發票相等，需報關單位蓋章)等。需要說明的是如海關認為必要，報關單位還應交驗貿易合同、定貨卡片、產地證明等。另外，按規定享受減、免稅或免驗的貨物，應在向海關申請并已辦妥手續后，隨報關單交驗有關證明文件。

　　進(出)口貨物許可證。進出口貨物許可證制度，是對進出口貿易進行管理的一種行政保護手段。我國與世界上大多數國家一樣，也采用這一制度對進出口貨物、物品實行全面管理。必須向海關交驗進出口貨物許可證的商品并不固定，而是由國家主管部門隨時調整公布。凡按國家規定應申領進出口貨物許可證的商品，報關時都必須交驗由對外貿易管理部門簽發的進出口貨物許可證，并經海關查驗合格無誤后始能放行。但對外經濟貿易合作部所屬的進出口公司、經國務院批準經營進出口業務的個部位所屬的工貿公司、個省(直轄市、自治區)所屬的進出口公司，在批準的經營范圍內進出口商品，視為以取得許可，免領進出口貨物許可證，只憑報關單即可向海關申報;只有在經營進出口經營范圍以外的商品時才需要交驗許可證。

　　商檢證書。海關指示報關單位出具商檢證書，一方面是監督法定檢驗商品是否已經接受法定的商檢機構檢驗;另一方面是取得進出口商品征稅、免稅、減稅的依據。根據《中華人民共和國進出口商品檢驗法》以及《商檢機構實施檢驗的進出口商品種類表》規定，凡列入《種類表》的法定檢驗的進出口商品，均應在報關前向商品檢驗機構報驗。報關時，對進口商品，海關憑商檢機構簽發的檢驗證書或在進口貨物報關單上加蓋的印章驗收。

　　除上述單證外，對國家規定的其他進出口管制貨物，報關單位也必須向海關提交由國家主管部門簽發的特定的進出口貨物批準單證，由海關查驗合格無誤后再予以放行。諸如食品衛生檢驗，藥品檢驗，動植物檢疫，文物出口簽定，金銀及其制品的管理，珍貴稀有野生動物的管理，進出口射擊運動、狩獵用槍支彈藥和民用爆破物品的管理，進出口音像制品的管理等均屬此列。

　　(二)進出口貨物的查驗

　　進出口貨物，除海關總署特準查驗的以外，都應接受海關查驗。查驗的目的是核對報關單證所報內容與實際到貨是否相符，有無錯報、漏報、瞞報、偽報等情況，審查貨物的進出口是否合法。

　　海關查驗貨物，應在海關規定的時間和場所進行。如有特殊理由，事先報經海關同意，海關可以派人員在規定的時間和場所以外查詢。申請人應提供往返交通工具和住宿并支付費用。

　　海關查驗貨物時，要求貨物的收、發貨人或其代理人必須到場，并按海關的要求負責辦理貨物的搬移、拆裝箱和查驗貨物的包裝等工作。海關認為必要時，可以徑行開驗、復驗或者提取貨樣、貨物保管人應當到場作為見證人。

　　查驗貨物時，由于海關關員責任造成被查貨物損壞的，海關應按規定賠償當事人的直接經濟損失。賠償辦法：由海關關員如實填寫《中華人民共和國海關查驗貨物，物品損壞報告書》一式兩份，查驗關員和當事人雙方簽字，各流一份。雙方共同商定貨物的受損程度或修理費用(必要時，可憑公證機構出具的鑒定證明確定)，以海關審定的完稅價格為基數，確定賠償金額。賠償金額確定后，由海關填發《中華人民共和國海關損壞貨物、物品賠償通知單》，當事人自收到《通知單》之日起，三個月內憑單向海關領取賠款或將銀行帳號通知海關劃撥，逾期海關不再賠償。賠款一律用人民幣支付。

　　(三)進出口貨物的放行

　　海關對進出口貨物的報關，經過審核報關單據、查驗實際貨物，并依法辦理了征收貨物稅費手續或減免稅手續后，在有關單據上簽蓋放行章，貨物的所有人或其代理人才能提取或裝運貨物。此時，海關對進出口貨物的監管才算結束。

　　另外，進出口貨物因各種原因需海關特殊處理的，可向海關申請擔保放行。海關對擔保的范圍和方式均有明確的規定。