（一）衛生除害處理原則
　　為了保證衛生除害處理的順利進行，必須遵循一些基本原則。
　　一、衛生除害處理必須符合檢疫法律法規的有關規定，有充分的法律依據；
　　二、在必須采取處理措施時，應設法使處理所造成的損失降低到最小；
　　三、處理方法必須完全有效，能徹底除蟲滅病，完全杜絕傳染病和有害生物的傳播和擴散；四是處理方法應當安全可靠、不造成中毒事故、殘留低、對環境污染小；五是處理方法還應不降低動植物、植物繁殖材料和種用動物的存活和繁殖能力，不降低動植物產品或相關產品的品質、風味、營養價值，不污損其外觀。
　　此外，凡涉及環境保護、食品衛生、農藥管理、港口監督以及其他行政管理部門的措施，應征得有關部門同意并符合有關管理辦法、規定和標準。
　　因此，在采取衛生除害處理措施時應當充分考慮：
　　首先保證傳染病和有害生物不傳入、傳出國境，同時考慮減少經濟損失，有利于發展對外經濟貿易關系；
　　第二能進行衛生除害處理的，盡量進行衛生除害處理； 報關員培訓
　　第三對不能進行除害處理的或者除害無效的，堅決做撲殺、退回或銷毀等處理。
　　（二）衛生除害處理方法
　　衛生除害方法是指根據不同的對象，選擇合適的殺滅病原體或有害生物的方法。廣義的衛生除害處理除熏蒸處理、噴灑處理、熱處理、冷處理、電磁波處理等外還包括撲殺、銷毀、退回和隔離檢疫。狹義的衛生除害方法主要是指熏蒸處理、噴灑處理、熱處理、冷處理、電磁波處理等五大類。
　　1．熏蒸處理：利用藥物汽化或釋放出的有毒氣體殺滅有害生物的處理方法。進出境集裝箱熏蒸除害處理，是集裝箱衛生除害處理中最常用的方法。
　　2．噴灑處理：利用有毒氣體或液體殺死、清除有害生物或降低有害生物數量的處理方法，如現場噴霧殺蟲、滅菌。它在衛生除害處理中被廣泛應用。
　　3．熱處理：利用高溫來殺滅或清除有害生物的處理方法，如進出境木質包裝的處理。
　　4．冷處理：采用低溫來殺滅或清除有害生物的處理方法，如進出境水果的處理。
　　5．電磁波處理
　　（1）微波加熱處理：應用電磁場加熱產生熱能來殺滅或清除有害生物的處理方法，如微波爐加熱。
　　（2）鈷60-r射線輻射：利用電離輻射來殺滅或清除有害生物的處理方法。