國家出入境檢驗檢疫局于1998年在國務院機構改革中組建。
　　國務院在關于國家出入境檢驗檢疫局職能配置、內設機構和人員編制規定中明確規定：
　　①將原由衛生部承擔的國境衛生檢疫、進口食品衛生監督檢驗的職能，交給國家出入境檢驗檢疫局。
　　②將原由農業部承擔的進出境動植物檢疫的職能，交給國家出入境檢驗檢疫局。
　　③將原國家進出口商品檢驗局承擔的進出口商品檢驗、鑒定和監管的職能，交給國家出入境檢驗檢疫局。
　　新組建的國家出入境檢驗檢疫局是主管出入境衛生檢疫、動植物檢疫和商品檢驗的行政執法機構。其主要職責任務是：
　　（1）研究擬定有關出入境衛生檢疫、動植物檢疫及進出口商品檢驗法律、法規和政策規定的實施細則、辦法及工作規程，督促檢查出入境檢驗檢疫機構貫徹執行。
　　（2）組織實施出入境檢驗檢疫、鑒定和監督管理；負責國家實行進口許可制度的民用商品入境驗證管理；組織進出口商品檢驗檢疫的前期監督和后續管理。
　　（3）組織實施出入境衛生檢疫、傳染病監測和衛生監督；組織實施出入境動植物檢疫和監督管理；負責進出口食品衛生、質量的檢驗、監督和管理工作。
　　（4）組織實施進出口商品法定檢驗；組織管理進出口商品鑒定和外商投資財產鑒定；審查批準法定檢驗商品的免驗和組織辦理復驗。
　　（5）組織對進出口食品及其生產單位的衛生7711第二十五章出入境檢驗檢疫基礎知識注冊登記及對外注冊管理；管理出入境檢驗檢疫標志、進口安全質量許可、出口質量許可并負責監督檢查；管理和組織實施與進出口有關的質量認證認可工作。
　　（6）負責涉外檢驗檢疫和鑒定機構（含中外合資、合作的檢驗、鑒定機構）的審核認可并依法進行監督。
　　（7）負責商品普惠制原產地證和一般原產地證的簽證管理。
　　（8）負責管理出入境檢驗檢疫業務的統計工作和國外疫情的收集、分析、整理，提供信息指導和咨詢服務。
　　（9）擬定出入境檢驗檢疫科技發展規劃；組織有關科研和技術引進工作；收集和提供檢驗檢疫技術情報。
　　（10）垂直管理出入境檢驗檢疫機構。
　　（11）開展有關的國際合作與技術交流，按規定承擔技術性貿易壁壘和檢疫協議的實施工作，執行有關協議。