（一）外部流程時限
　　1．報檢時限
　　入境貨物應在貨物入境前或入境時由貨主或代理人接運單位憑有關單證向到貨口岸、指定的或到達站的檢驗檢疫機構輸報檢手續；入境的運輸工具或人員應由船方代理、鐵路局（站）、航空公司等在入境前或入境時報檢。
　　入境貨物以及需對外出證的貨物收用貨部門或代理部門于貨物報檢后通關后應索賠有效期前不少于20天內向口岸或貨物目的地的檢驗檢疫機構報檢，申請檢驗檢疫。
　　輸入種畜、禽及其精液、胚胎的，應當在進境前30天報檢。
　　輸入其他動物的，應當在進境前15天報檢。
　　輸入植物、種子、種苗及其他繁殖材料的，應當在入境前7天報檢。
　　出境貨物最遲應于報關或裝運前十天報檢，對于個別檢測周期較長的貨物，應留有相應的實驗室工作時間。報檢30天后仍未辦理檢驗檢疫事宜的，做自動撤消報檢處理。
　　出境的運輸工具和人員應在出境前報檢。
　　出境動物在出境前60天預報，隔離前7天報檢。
　　2．交費的時限
　　出入境檢驗檢疫機構依法對出入境人員及應檢物實施檢驗檢疫、監督查驗、檢疫處理等，按規定計收的檢驗檢疫費，報檢人應在報檢時交納。
　　3．通關的時限
　　出入境檢驗檢疫機構簽發《通關單》后出境貨物的通關出運時限一般貨物為60天；植物和植物產品為21天；鮮活類貨物為14天或特殊規定的時限。入境貨物的通關時限不超過7天；通關后一周內，應到有關檢驗檢疫機構聯系檢驗檢疫事宜。逾期的應重新辦理報檢手續。
　　（二）內部流程時限
　　內部流程時限是指出入境檢驗檢疫機構從辦理報檢到簽證、放行等工作環節之間的時限。內部流程時限主要有以下幾種：
　　1．施檢周期是指施檢部門從抽樣起計算，到檢驗檢疫或檢驗檢疫處理事項完成并出具檢驗檢疫報告（擬稿）止。該周期是檢驗檢疫流程時限的核心。檢驗檢疫周期因檢驗檢疫對象和輸出/輸入國家或地區的差異而不同。
　　2．簽證周期是指施檢部門從檢驗檢疫報告（擬稿）完成后，經檢務部門的審稿、制證、復核到簽署檢驗檢疫證單的時間。
　　3．發證與領證周期主要是指報檢領證的時間。檢務部門簽證與計收費完畢后，其內部流程已基本完成，有待報檢人領取證單。報檢人何時領證，由報檢人自由處理。這是一個內部流程與外部流程相互結合的特定流程。
　　4．檢驗檢疫機構內部業務周轉周期是指檢驗檢疫機構對內部各部門和崗位之間一個流程的最先環節與下一個流程環節開始之間證單和業務周轉的時間要求。該周期要求上下工序迅速銜接、速遞，是檢驗檢疫整體工作的體現。