WTO 此機構的目標原是為了監督新的全球秩序，確保其合法；然而 WTO 沒有任何類似民主機構的特征：WTO 秘密運作，沒有義務向成員國或他者解釋其行動；WTO 的國家代表多是貿易律師，往往會因為企業需要而為之打通關，而該組織也秉持對市場的信仰，往往向企業利益傾斜，常讓地方環境法與勞工法受挫、無以伸張。

不公平的決策

一些國家對于在 WTO 框架下的不公機制表示不滿，如在數國組成的小團體內討論而達到協議，往往壓縮其他比較u201c不重要u201d的國家的權益等等，而在此體制下，大部分發展中國家也較沒有足夠力量反對一些決議。

密室會議

WTO 最為人詬病之一，即為其不透明的所謂u201c密室會議u201d、u201c綠室會議u201d或u201c小型部長會議u201d(Green Room)。其原文出自起初GATT烏拉圭回合(Uruguay Round) 中，少數會員代表于綠色房間內所作出的決議，另一說則為日內瓦WTO秘書長的辦公室顏色。在u201c密室會議u201d中，部分對于會議主題有利益關系的少數國家事先就議題做出一致的方案，之后在此決議公布于所有會員國前決議。此種決議方式在后來于1999年西雅圖、2001年杜哈及2003年坎昆部長會議均被采用，甚至成為許多決議失敗的原因，因為非洲或其他周邊國家在整個會議討論中，均被排除在u201c密室會議u201d之外，故拒絕承認最后的決議。此種決策過程在1990年代常被提出，常為開發中國家或非政府組織對于 WTO 決策不透明的批判焦點。

過去數十年中有許多方案嘗試解決u201c密室會議u201d的問題，如由數個永久核心會員國及由其他成員國以輪值的方式所組成的執行委員會，以管理 WTO 里的議程，其中的核心會員國可由各國在世界經濟體的影響力或其他準則來決定。然至今這方面仍未有明顯的進展。許多決策者認為，使 WTO 的會議更為透明無疑是有必要且可取的，但同時也有人認為u201c密室會議u201d這樣的討論過程在如此一個日益龐大的組織是無可避免的。

除上述以外，包含了 WTO 中最重要的關稅限制及其他由所有會員國決議的資料庫無法自由地取得，也常是多方批評的一項。