日本位于亞歐大陸東部、太平洋西北部，領土由北海道、本州、四國、九州4個大島和其他7200多個小島嶼組成，因此也被稱為u201c千島之國u201d。日本陸地面積約37.79萬平方公里。日本東部和南部為太平洋，西臨日本海、東海，北接鄂霍次克海，隔海分別和朝鮮、韓國、中國、俄羅斯、菲律賓等國相望。日本北海道有世界最著名的漁場之一u2014u2014北海道漁場，其成因是千島寒流與日本暖流交匯。^[9]

日本是一個多山的島國，山地成脊狀分布于日本的中央，將日本的國土分割為太平洋一側和日本海一側，山地和丘陵占總面積的71%，大多數山為火山。國土森林覆蓋率高達67%。富士山是日本的最高峰，海拔3776米，是日本最高峰，被日本人尊稱為：圣岳。^[9]

日本群島地處位于亞歐板塊和太平洋板塊的交界地帶，即環太平洋火山地震帶，火山、地震活動頻繁，危害較大的地震平均3年就要發生1次。

日本的平原主要分布在河流的下游近海一帶，多為沖積平原，規模較小，較大的平原有石狩平原、越后平原、濃尾平原、十勝平原等，其中面積最大的平原為關東平原。日本平原面積狹小，耕地十分有限，人口生理密度高達2924人/平方公里，為世界第26位。

日本位于亞歐板塊和太平洋板塊的消亡邊界，為西太平洋島弧-海岸山脈-海溝組合的一部分。全國68%的地域是山地。日本位于環太平洋火山地震帶，全球有十分之一的火山位于日本，在全國都時常會發生火山活動。據統計，世界全部里氏規模6級以上的地震中，超過二成都發生在日本。日本是世界上地震最多的國家。^[9]

日本以溫帶和亞熱帶季風氣候為主，夏季炎熱多雨，冬季寒冷干燥，四季分明。全國橫跨緯度達25°，南北氣溫差異十分顯著。絕大部分地區屬于四季分明的溫帶氣候，位于南部的沖繩則屬于亞熱帶，而北部的北海道卻屬于亞寒帶。^[10]

日本是世界上降水量較多的地區。主要原因包括了日本海側地區冬季的降雪；6月、7月（沖繩、奄美為5月、6月）間連綿不斷的梅雨；以及夏季到秋季登陸或接近日本的臺風。日本有記載的最高溫度紀錄是40.9℃，于2007年8月16日在崎玉縣熊谷市和岐阜縣多治見市測得；有記載的最低溫度紀錄是-41℃，于1902年1月25日在北海道旭川市測得。

日本境內河流流程短水能資源豐富，最長的信濃川長約367公里；最大的湖泊是琵琶湖，面積672.8平方千米。

日本海岸線全長33889公里。由于日本是一個島國，因此其海岸線十分復雜。西部日本海一側多懸崖峭壁，港口稀少，東部太平洋一側多入海口，形成許多天然良港。

在東部太平洋一側自南向北均被日本暖流（黑潮）環繞、東北部形成千島寒流（親潮），西部日本海一側是對馬暖流和里曼寒流。在寒流和暖流交匯處，魚類資源豐富，成為天然漁場。由于地處海洋的包圍之中，終年溫和濕潤，冬無嚴寒，夏無酷暑。夏秋兩季多臺風，6月份多梅雨。1月平均氣溫北部-6℃，南部16℃；7月北部17℃，南部28℃。年降水量700毫米至3500毫米，最高達4000毫米以上。