關于日本列島上被確認過的人類歷史，大約可以追溯到3萬年前至10萬年前。約1.2萬年前左右，因末次冰期結束而開始急劇溫暖化，使得人們的文化與生活產生極大變化，全島進入下個繩紋時代。約1.2萬年前左右開始被稱為繩紋時代。分為草創期、早期、前期、中期、后期、晩期這6期。這個時候的人們制作繩紋式陶器、早期以后邁向定居化，大部分住在半地穴式房屋（豎穴式住居）。使用弓箭狩獵、貝冢漁撈、采集植物等經營生活，使用打制石器、磨制石器、骨角器等等。也進行栽培，后期到晩期間種植稻。
在日本神話中，太陽神天照大神的后裔神武天皇于公元前660年建立日本國并即位為天皇。
伴隨著渡來人的移入，日本在彌生時代初期出現了陶器、鐵、銅器以及水田等文化，使日本逐漸成為一個農業社會。彌生時代中期，位于九州的奴國國王向漢朝朝貢，并獲賜金印。
到了2世紀后半期，各小國內戰頻繁，直至3世紀中葉才出現較大的u201c大和國u201d，后經過長期的擴張，并且逐漸征服了日本中部大部分地方，其首領最初稱為u201c大王u201d，后來改稱天皇。
古墳的分布基本上遍及本州島南部，以奈良、大阪的大和盆地為主，北海道則未發現。這一時期的墳墓為巨大的穴式土堆，四周有壕溝，u201c前方后圓u201d形式的墓制最具代表性，墳的周遭圍繞著中空的黏土塑像，這些筒狀土制人偶可能是殉葬用的，稱之u201c埴輪u201d。建筑這些墳墓需要花費大筆金錢，只有少數的統治階級能夠負擔，截止2013年發現有71座，鑰匙孔形的古墳最常見，大阪的大山冢，又名u201c仁德天皇陵u201d據悉為全世界最大的古墳。
古墳里通常有許多銅鏡、珠寶等物品，到了后期，古墳里還有兵器和盔甲。古墳時代分為前期、中期、后期。從8世紀初開始，火葬流行，古墳逐漸式微，并開啟了佛教建筑的時代。
飛鳥時代得名于奈良縣的飛鳥地方（如今的明日香村，當時的都城藤原京）。佛教在這一時期通過百濟傳來，587年，衣折戰役中，蘇我馬子擊敗物部守屋，取得對朝廷的控制權。
592年，和蘇我氏有姻親關系的皇族女性豐御食炊屋姬即位為推古天皇。她提名圣德太子（馬廄門王子）為攝政進行了以加強皇權為核心的政治改革。圣德太子制定了十二階冠位和十七條憲法；同時還派遣使節和留學生到隋朝學習。蘇我入鹿殺害了圣德太子的兒子山背兄皇子，645年，中大兄皇子（天智天皇）和中臣鐮足（藤原鐮足）合謀刺殺蘇我入鹿，結束了蘇我氏的專權。同年，孝德天皇即位，頒布大化改新詔，推行大化革新。
672年，天智天皇駕崩，兒子大友皇子即位弘文天皇。天智天皇的弟弟大海人皇子與其爭位，爆發戰爭，史稱壬申之亂。710年，元明天皇遷都平城京，飛鳥時代結束。
奈良時代即以奈良（平城京）為都的時代。自710年（和銅三年）定都平城京，至784年（延歷三年）遷都長岡京，共計74年。是律令制社會的繁榮鼎盛時期，表現在政治經濟制度、階級關系、文化以及對外關系等方面。光仁天皇及桓武天皇時期，朝廷力圖整頓混亂的政治形勢，縮減財政開支，改革兵制，向東北地區擴展疆域，謀求整形和重新加強律令制。日本最早的史書《古事記》、《日本書紀》也于此時相繼編成，從而進入日本的歷史時代。
平安時代即以平安京（京都）為都城的歷史時代，始于794年（延歷十三年）桓武天皇遷都平安京，終于1185年（文治元年）鐮倉幕府成立，歷經400年。莊園制度讓開墾耕地的人永久擁有耕地，他們結合成利益集團，更武力兼并莊園，漸成各地武家實力的來源。
源賴朝平定平氏后，建立以鐮倉為全國政治中心的武家政權時代。始于1185年（文治元年）鐮倉幕府成立，終于1333年（正慶二年、元弘三年）幕府滅亡，歷經149年。始期另有1180年說、1183年說、1192年說（源賴朝出任征夷大將軍）。
在北條時宗在位的時候，元世祖忽必烈曾兩次侵日未果。后期，幕府的統治日漸衰敗，無法維持，終于后醍醐天皇舉兵，然后被討伐大將、上野大族足利尊氏的倒戈而滅亡。
后醍醐天皇消滅了鐮倉幕府后，就進行了第一次的王政復古，推行新政，史稱建武新政。足利尊氏迫后醍醐天皇退位。新天皇光明天皇策封他為征夷大將軍，是為北朝。后醍醐天皇退位后持著天皇象征的三神器退往大和的吉野（今奈良縣），是為南朝，至此南北朝終于形成。
足利氏原是上野豪族，而且更是鐮倉幕府將軍源賴朝同族，足利尊氏在京都的室町開設幕府，是為室町幕府。南北朝的統一是第三代將軍足利義滿進行的，他統一了以后，曾企圖篡奪皇位。但在他死后，第四代將軍足利義持阻止了此事。由于當初足利氏為了對付南朝，必須于京都開設幕府，而在鐮倉設公方府，引來了關東大亂。在第八代將軍足利義政在位的時候，因繼承權問題爆發了應仁之亂，自此幕府的權威日下。原本受幕府策封于各地的守護大名，有的漸漸被守護代（副官）、家臣、國人篡奪政權，有的可以保持政權至戰國時代。從應仁之亂開始，至足利幕府滅亡，稱為戰國時代。
天正元年（1573年），織田信長放逐了末代將軍足利義昭，足利幕府宣告滅亡。后逐漸成為全國最強大的軍事首領，并開始積極拓展統治版圖，直到天正十年（1582年）消滅甲斐大名武田氏為止，已幾乎完全控制近畿與東海地方，并將勢力延伸至中國地方、甲信越地方、四國地方以及北陸地方，此時的全國實際政治中心也轉移到安土城的織田氏手上。同年，部將明智光秀發動本能寺之變，織田信長死去（或說失蹤），其長子兼織田家家督織田信忠敗給明智光秀后自殺，整個織田氏頓時陷入混亂。
1584年，羽柴秀吉與東海地方大名德川家康爆發會戰，雙方經過一番對峙后進行和解并結為同盟，同年，大坂城完工，羽柴秀吉以此為根據地，開始進行統一全國的計劃。經歷四次的大規模討伐后，1590年，接受天皇賜姓豐臣的秀吉完成全國大致上的統一，1598年，豐臣秀吉去世，全國再度陷入混亂。
1603年（慶長8年）至1867年（慶應3年）間被稱為江戶時代，于江戶設置了江戶幕府。政治一安定經濟也跟著發展，在德川綱吉時代景氣良好，商人與町人盛行元祿文化。江戶時代中葉，幕府財政陷入困境，德川吉宗實行享保改革暫時恢復了財政，卻又再度惡化。
幕府末年被歐美各國逼迫開國，經由馬修·培里來航而簽下了日美神奈川條約等不平等條約使得鎖國崩裂。隨著開國與尊王攘夷思想強盛，幕府大老遇刺身亡與薩英戰爭都令幕府的權威一落千丈，最終德川慶喜先后把政權與領地交還朝廷，史稱u201c大政奉還u201d。
明治年間（1868年u20151912年）稱為明治時代。
經過王政復古大號令及戊辰戰爭后，擁戴朝廷的諸藩，成立了明治大日本帝國政府。舊藩士在新政下生活困苦，演變成西南戰爭，后來漸漸恢復秩序。
新政府積極引入歐美各種制度及廢藩置縣等等，這些各項改革被稱為明治維新。一方面，新政府確立國家制度，如設立帝國議會及制定大日本帝國憲法；一方面，又以培植產業及加強軍力（富國強兵）為國策推進，急速地發展成近代國家。此外，1879年染指清朝朝貢國琉球國，并改設為沖繩縣。日本又在1894年甲午戰爭及1904年日俄戰爭中取得勝利，通過《馬關條約》等不平等條約，割占臺灣及其附屬島嶼（含釣魚島），強占東北南部。1910年吞并朝鮮。
文化上，日本從歐美傳入了新的學問，藝術；帶有未曾在日本出現過的個人主義小說，文學開始出現，與江戶時代以前不同的文化展開了。宗教上，改變了以往神佛合流的現象（神佛分離），出現了打壓佛教（廢佛毀釋）等等的運動。
大正年間（1912年u20151926年）稱為大正時代。明治天皇于1912年駕崩，子嘉仁繼位，改元大正，是為大正時代。大正元年，因為陸軍倒閣而引起了第一次護憲運動（即：大正民主運動，日語：大正デモクラシー），開始出現政黨政治。
大正時代前期，發生了第一次世界大戰，時為自明治維新以來日本國力最高峰的盛世，但1921年，大正天皇因病而由太子裕仁攝政，1923年發生關東大地震，以及一戰后在國際和平會議中節節敗退，使日本日漸艱難。
權貴與政黨不斷抗爭，發生了第二次護憲運動，實行了全民普選（1925年）。亦由唯一的元老西園寺公望推薦首相，提倡u201c憲政之常道u201d。
1926年12月25日，大正天皇駕崩，皇太子裕仁繼位，是為昭和時代。第一次世界大戰時期，日本經濟發展迅速。國內政局為統制派軍人擊倒皇道派軍人從而掌握軍政大權。此后，由于統制派軍人由外而內改變國家政體的思想，日本開展了對包括中國在內的東亞各國的大規模侵略。日本成為第二次世界大戰遠東以太平洋戰場上的主要侵略者。
1945年8月15日，日本接受《波茨坦公告》無條件向盟軍投降。
戰后的政黨如雨后春筍一樣大量成立。聯合政府倒臺。吉田茂再次重登相位，連續四次組閣，合共第一次組閣為日本史上唯一的。《舊金山和約》簽定后，日本恢復了國家主權（因《舊金山和約》簽訂時，中華人民共和國尚未取得聯合國席位因此被美國、英國、法國等國排除在外，故中華人民共和國政府自和約簽訂至今均未承認過《舊金山和約》）。
昭和天皇于昭和64年（1989年）1月7日駕崩，子明仁繼位，駕崩隔日起（1月8日）改元平成，稱為平成時代（1989年至今）。
民主黨代表（黨首）鳩山由紀夫（2009年9月）16日在特別國會首相指名選舉中當選為日本第93任首相，并于當天完成組閣。新內閣的成立標志著日本政壇正式進入民主黨執政時代，日本首次實現戰后以來真正意義上的u201c政權更迭u201d。
2016年10月28日，日本當選聯合國人權理事會成員，任期從2017年至2019年。
[6]2017年12月8日，明仁天皇退位日定于2019年4月30日。
[7]2019年4月1日，日本官房長官菅義偉宣布，u201c令和u201d被選為日本新年號，從2019年5月1日開始啟用u201c令和u201d為年號。
2019年4月9日，日本政府財務相麻生太郎正式宣布，將在2024年度的上半年更換紙幣圖案，推出1萬日元、5000日元和1000日元新紙幣，正面將分別使用澀澤榮一、津田梅子、北里柴三郎的人物肖像。
2019年5月1日，天皇德仁在東京的皇居舉行即位儀式，成為日本第126代天皇。
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