與中外合資經營企業不同的組成原則、中外合作經營企業的中外合作者的投資、收益分配、風險債務的分擔，以及企業終止時剩余財產的分配等，企業，均由合作雙方在合作合同中約定，一般不與各方的出資比例直接相聯系，不采取股權的方式計算合作企業各方合作者的投資、收益分配及風險債務的分擔。合作者享受的權利和承擔的義務均與出資無關。

與中外合資經營企業不同的出資方式。中外合作經營企業的合作各方，以實物出資或者提供場地使用權、工業產權等合作條件的，一般不折價，不計算合作各方的出資比例。從法律的角度看，法律對中外合作經營企業的合作外方沒有出資比例的法定要求。

與中外合資經營企業不同的分配方式。中外合資經營企業合資各方的收益分配，都是在企業稅后利潤中根據各方的出資比例進行分配。而中外合作企業的收益分配是多樣的，企業與企業之間很可能在選擇分配方式上有較大的差異。有的企業的收益分配是在稅后進行的，有的企業則在稅前直接分配產品或者營業收入。不管哪種分配方式，都是由合作雙方通過協商確定。最后落實到合同文本上。

與中外合資經營企業不同的投資回收方式。中外合資經營企業在合營期間不得擅自減少注冊資本，合資各方可以從企業清償債務后剩余的財產中收回投資本金。中外合作經營企業則不同，根據法律規定，如果中外合作者在合作合同中約定，合作期滿時合作企業的全部固定資產歸中國合作者所有的，可以在合作企業合同中約定外國合作者在合作期限內先行收回投資，但仍應依照有關法律的規定及合同對合作企業的債務承擔責任。先行收回投資可以通過分得較多的利潤、產品或者抽取固定資產折舊費的形式完成。

與中外合資經營企業有著不同的內部組織機構。中外合資經營企業只要采取有限責任組織形式的，都要依照法律的規定成立董事會，董事會的人員構成；議事規則均要符合法律規定。中外合作經營企業按法律規定可以不設董事會而設聯合管理機構，由聯合管理機構的組成人員決定企業的重大事宜。聯合管理機構可以決定任命或聘請總經理負責合作企業的日常經營管理工作。總經理對聯合管理機構負責。另外，中外合作經營企業依法律的規定，經聯合管理機構一致同意；可以聘請中外合作者以外的他人經營管理，表現特別突出的有飯店餐飲業、房地產業和公共交通服務業等。