1927年11月，籌設社會科學研究所，并于1928年5月正式成立，下有法制組、民族組、經濟組、社會組，前兩組在南京，后兩組在上海。

1928年6月9日，在上海成立的國立中央研究院（簡稱中研院，拉丁文譯名Academia Sinica）在上海成立，是為u201c中華民國最高學術研究機關u201d，是中國歷史上第一個真正意義上的u201c科學院u201d（academy），直屬于南京國民政府，首任院長蔡元培。創辦中研院的主要成員是中國科學社社員，因此，中研院成立后繼承了中國科學社在國際上作為中國科學界官方代表的地位。

1934年7月，中華教育文化基金董事會之北平社會調查所并入該所，1945年改稱社會研究所。

1928年，歷史語言研究所（簡稱史語所）成立。年初，大學院中央研究院籌備委員傅斯年向大學院院長蔡元培建議設置歷史語言研究所。3月，中研院于廣州中山大學籌設歷史語言研究所，聘傅斯年、顧頡剛、楊振聲三人為常務籌備員。7月，正式成立，由傅斯年代行所長職務。10月22日，遷入廣州柏園，始有獨立所址，后經議定，以此日為所慶紀念日。初在廣州，分設史料、漢語、文籍考訂、民間文藝、漢字、考古、人類學及民物學、敦煌材料研究等八組。

1929年，院址遷往北平，將原設八組歸并為三個學術組，一為歷史學組，從事史學及文籍考訂；二為語言學組，從事語言學及民間藝文；三為考古學組，從事考古學、人類學及民物學，并分別聘請陳寅恪、趙元任、李濟為一、二、三組主任。九一八事變（1931）后由北平遷上海。

1934年，中研院在南京之建筑陸續竣工，史語所亦由上海遷至南京。同年5月增設人類學組。中日戰爭期間，史語所先遷湖南長沙，繼遷云南昆明，最后定居于四川南溪縣李莊之板栗坳。

1946年，遷回南京，繼續推動各項研究工作，并接收北平東方文化研究所及近代科學圖書館圖書，成立u201c北平圖書史料整理處u201d。

1948年3月，召開年會，選舉確定了81名中央研究院第一屆院士，其中人文組院士28人，占到院士總數的三分之一強。在中央研究院1948年評選出的第一屆81位院士中，人文組院士達28位，占到院士總數的三分之一。

1949年9月27日，中國人民政治協商會議第一屆全體會議一致通過《中華人民共和國中央人民政府組織法》。據此，在政務院之下設科學院，行使管理全國科學研究事業的政府行政職能。科學院與文化部、教育部、衛生部、出版總署等部門同受政務院文化教育委員會的指導。10月19日，中央人民政府委員會第三次會議任命文學家、考古學家、歷史學家、原中央研究院院士郭沫若為中國科學院院長。11月1日，中國科學院在北京開始辦公。^[3]成立之初的中國科學院也是一個集自然科學和人文社會科學于一身的綜合性研究機構。

1949年11月5日，中國科學院從華北人民政府高等教育委員會處接管了原北平研究院的史學研究所以及原中央研究院歷史語言研究所設在北京的圖書史料整理處，并在原中央研究院歷史語言研究所歷史組、考古組以及北平研究院史學所的基礎上，成立了中國科學院考古研究所；在原中央研究院歷史語言研究所語言組的基礎上成立了中國科學院語言研究所。

1950年4月6日，中國科學院又于在南京接收了原中央研究院的社會研究所，在此基礎上成立了中國科學院社會研究所，初設于南京。5月，由解放區遷北平的華北大學研究部歷史研究室劃入中國科學院，在此基礎上擴建為中國科學院近代史研究所。上述考古所、語言所、社會所、近代史所成為中國科學院最早設立的一批人文社會科學研究機構。

1954年1月28日，周恩來總理主持政務院第204次政務會議，決定建立中國科學院學部和實行學部委員制度。中國科學院組織全國科技、教育、產業界的學者、專家，并會同有關部門推薦遴選了首批委員人選。^[4]

1956年，國家在制定12年科學技術發展遠景規劃的同時，也制定了《哲學社會科學規劃草案（1956~1967）》，推動了院屬哲學社會科學研究機構的發展，很快建立了幾個新的研究所。到u201c文革u201d之前，哲學社會科學部有14個研究機構，包括哲學所、經濟所、世界經濟所、文學所、外國文學所、語言所、歷史所、近代史所、世界歷史所、考古所、民族所、法學所、世界宗教所和情報所。1957年6月，反右斗爭開始，同年7月院黨組提出成立哲學社會科學部分黨組，以加強黨的領導，并提出該部學術思想方面的問題由中共中央宣傳部直接領導，8月中宣部批復同意。隨著政治運動的不斷升級，以及全院科技力量投入u201c兩彈一星u201d等重大科技攻關任務，哲學社會學部逐步從中國科學院分離出來。

1960年，哲學社會科學部劃歸中宣部直接領導。

1961年以后，院屬機構中不再列入該學部所屬研究所。但哲學社會科學部及其所屬單位仍與中國科學院有著種種聯系。

1966年，全國開始u201c文革u201d后，學部工作限于停頓狀態。

1967年1月，各自然科學類學部被迫停止活動。哲學社會科學部亦遭嚴重破壞，是u201c文革u201d重災區。學部內派性嚴重，冤案成堆，若干人被迫害致死。由于中宣部被砸亂，哲學社會科學部長期處于無政府狀態。

1969年以后，絕大部分人員下放農村參加勞動。

1972年，由于周總理的過問，院部才回到北京，逐步恢復工作，學部由國務院科教組代管。

1975年，四屆全國人大召開恢復教育部后，學部交由教育部代管。

1975年初，鄧小平受命主持國務院工作，他不僅全面整頓科學事業，也著手恢復遭受嚴重破壞的哲學社會科學。鄧小平決定由新設立的國務院政治研究室代管學部業務工作，學部的政治和行政工作分別由國務院政工組、辦公室負責。7月16日國務院發布學部領導機構名單，郭沫若仍任學部主任，并組成學部臨時領導小組負責學部日常工作。7月下旬起派到學部的軍宣隊、工宣隊陸續撤離，學部下放農村的研究人員被召回，研究所科研業務逐步恢復。

1975年9月，國務院公布《國務院關于哲學社會科學若干事項的通知》（國發[1975]142號）。通知中規定，中國科學院哲學社會科學部u201c直接受國務院指導，其地位同于科學院，相當于部委一級單位u201d。該《通知》正式提出了建立單獨的社會科學院的計劃。由此學部行政級別大為提高，但名稱未變，相關研究所名義上仍留在中科院。10月4日，胡耀邦被鄧小平任命為中科院u201c黨的核心領導小組u201d第一副組長后，在牽頭制定中科院整頓規劃時，也開始為建立單獨的中國社會科學院制定規劃。10月25日，鄧小平在政治局會議上受到批判，在所謂u201c反擊右傾翻案風u201d的運動中，政研室一度險被撤銷。

1976年1月17日，因鄧小平在政治局會議上受到批判，宣布不再領導哲學社會科學部的工作，社會科學院的建設計劃被迫中止。

1976年秋，u201c四人幫u201d被粉碎后，哲學和社會科學文化事業在撥亂反正中逐步復蘇。

1977年4月5日，中科院哲學社會科學部向中央遞交《關于哲學社會科學學部改變名稱的請示報告》。5月7日，中共中央批準了該報告，決定將中國科學院哲學社會科學部改名為u201c中國社會科學院u201d，地位與中國科學院等同，相當于部委一級。學部時期的14個研究所全部劃歸過去。至此，哲學社會科學部正式從中國科學院獨立出去。11月24日，國務院頒發的u201c中國社會科學院u201d印章正式啟用。隨后，中央任命馬克思主義理論家、政論家、社會科學家、中國科學院哲學社會科學部學部委員胡喬木出任中國社會科學院第一任院長兼黨組書記。

1977年至1981年期間，中國社會科學院先后成立了工業經濟研究所、農村發展研究所、財貿經濟研究所（現為財經戰略研究院）、新聞研究所（現為新聞與傳播研究所）、馬克思列寧主義毛澤東思想研究所（現為馬克思主義研究院）、社會學研究所、人口研究所（現為人口與勞動經濟研究所）、少數民族文學研究所（現為民族文學研究所）、世界政治研究所（后與世界經濟研究所合并成立世界經濟與政治研究所）、美國研究所、日本研究所、西歐研究所（現為歐洲研究所）以及中國社會科學雜志社、中國社會科學出版社、中國社會科學院研究生院和郭沫若著作編輯出版委員會辦公室等16個研究和出版單位。此外，蘇聯東歐研究所（現為俄羅斯東歐中亞研究所）、西亞非洲研究所和拉丁美洲研究所也在這個時期劃歸中國社會科學院。^[5]

1993年國務院機構改革，中國社會科學院是國務院的直屬事業單位，是中國哲學社會科學的最高學術機構和全國社會科學綜合研究中心。^[6]

1988年國務院機構改革，中國社會科學院保留，為國務院的直屬事業單位。^[6]

2004年1月5日，中共中央印發《關于進一步繁榮發展哲學社會科學的意見》。

2005年12月26日，中國社會科學院在馬克思列寧主義毛澤東思想研究所的基礎上，成立了中國社會科學院馬克思主義研究院。

2006年8月3日，中國社會科學院學部成立，作為院務會議領導下的學術指導、學術咨詢和科研協調機構。中國社會科學部設立了文學史學哲學部（后又分立為文學哲學部、歷史學部）、經濟學部、社會政法學部、國際研究學部、馬克思主義研究學部，評選出首屆學部委員47人、榮譽學部委員95人。

2007年5月，中國社會科學院建院二十周年。^[7]

2011年3月，中國社會科學院正式啟動u201c哲學社會科學創新工程u201d。是年11月30日，實施創新工程后成立的首批跨學科、綜合性、創新型學術思想庫和新型研究結構u2014u2014中國社會科學院財經戰略研究院、中國社會科學院亞太與全球戰略研究院、中國社會科學院社會發展戰略研究院，分別在財政與貿易經濟研究所、亞洲與太平洋研究所和社會發展研究所的基礎上組建而成。

2012年4月26日，中國社會科學院研究生院新校區在北京市房山區的良鄉高教園區正式落成。

2015年1月，中共中央辦公廳、國務院辦公廳印發《關于加強中國特色新型智庫建設的意見》提出，u201c發揮中國社會科學院作為國家級綜合性高端智庫的優勢，使其成為具有國際影響力的世界知名智庫u201d。^[8]

2016年11月26日至29日，中國社會科學院院長、學部主席團主席王偉光率院學部委員學術調研團前往山東青島，青島市政府與中國社會科學院簽訂了戰略合作意向書。

2017年1月7日，青島市政府與中國社會科學院在北京簽署全面戰略合作協議。根據協議，雙方將共同建設高等院校，合作共建青島研究院，聯合在青島舉辦國際性高層論壇，為青島市重大決策和發展戰略提供咨詢論證，在人才交流與培養方面展開全面合作。