根據監管物件的不同，海關監管分為運輸工具監管、貨物監管、和物品監管三大體系，每個體系都有一整套規范的管理程式與方法。監管是海關最基本的任務，海關 的其他任務都是在監管工作的基礎上進行的。除了通過備案、審單、查驗、放行、后續管理等方式對進出境運輸工具、貨物、物品的進出境活動實施監管外，海關監 管還要執行或監督執行國家其他對外貿易管理制度的實施，如進出口許可制度、外匯管理制度、進出口商品檢驗檢疫制度、文物管理制度等，從而在政治、經濟、文 化道德、公眾健康等方面維護國家利益。
    1、一般貿易監管
    一般貿易是指中國境內有進出口權的企業單邊進口或單邊出口的貿易。這種貿易方式主要有申報、查驗、征稅、放行四個環節，海關對其的監管也是由此四個環節展開。
    (一)進出口申報
    進出口貨物收發貨人、受委托的報關企業，依照《海關法》以及有關法律、法規的要求，在規定的期限(進口貨物為進境之日起十四天內，出口貨物運抵海關監管區 后裝貨的二十四小時前)，進出境貨物的口岸或關境，采用電子資料報關單和紙質報關單形式，向海關報告實際進出口貨物的情況，海關以申報資料(商業發票、裝箱單 等相關單證)對照報關進行審核。進口貨物收發貨人未按規定期限向海關申報產生滯報的，由海關按規定征收滯報金。海關接受進出口貨物申報后，電子資料和紙質 的進出口貨物報關單不得修改或者撤銷;確有正當理由的，經海關審核批準，可以修改或撤銷。
    (二)配合查驗 外 貿 知 識
    海關為確定進出境貨物收發貨人向海關申報的內容是否與進出口貨物的真實相符，或者為確定商品的海關編碼、價格、原產地等，依法對進出口貨物進行實際核查。通過實際核查，檢查報關單位是否偽報、瞞報、申報不實，同時也為海關的征稅、統計、后續管理提供可靠的資料。
    查驗的實施一般在海關監管區內執行，也有特殊的原因需要在海關監管區外執行的。海關查驗的方法可以徹底查驗，也可以抽查;查驗的操作分為人工查驗和設備查驗。
    海關查驗貨物時進出口貨物收發貨人或其代理人應當到場配合查驗，查驗結束后，海關查驗人員填寫《海關進出境貨物查驗記錄單》現場人員簽名確認，查驗過程如因查驗人員的責任發生損壞，屬海關賠償范圍的，海關依法賠償。
    (三)繳納稅費
    貨物經過申報、查驗環節后，海關核對電腦計算的稅費，開具稅款繳款書和收費票據，進出口貨物收發貨人或其代理人在規定時間內，向指定銀行辦理稅費交付手續或通過網路進行電子支付。
    (四)放行(提取或裝運貨物)
    海關接受進出口貨物的申報，審核申報資料及相關單證，并且貨物通過上述申報、查驗、征稅環節后，對一般貿易進出口貨物結束海關進出境現場監管，允許進出口貨物離開海關監管現場的工作環節。
    在實行“無紙通關”申報方式的海關，海關做出現場旅行的決定后，通過電腦將資訊發送給進出口貨物收發貨人或其代理人和海關監管貨物保管人，進出口貨物收發貨人或其代理人自行列印海關放行通知書，提取或裝運貨物。
    2、加工貿易監管
    外資企業主要以加工貿易的方式經營。海關以往的加工貿易監管規定往往只是針對特定時期的某一種貿易方式或某一項業務而制定，缺乏一部系統的、全面的監管規 章。另外，多數加工貿易的監管規定制定的立法環境、條件與現在相比已發生很大變化，有些規定出現不適應狀況。針對上述原因，《中華人民共和國對加工貿易貨 物監管辦法》也就應運而生，對以往規定進行了整合與規范，并于2004年4月1日開始正式實施。
    目前，我國加工貿易管理實行保稅監管制度。從1995年開始，海關根據國務院規定，對加工貿易實行銀行保證金臺帳管理制度，有效地保障了國家關稅的稅收， 但仍需進一步完善。《海關法》對海關要求企業提交擔保的范圍、方式已有原則性規定，因此，新的《加工貿易貨物監管辦法》規定海關對加工貿易實行擔保制度， 規定了擔保適用的有關情形，規定了擔保的解除條件。
    核查是加工貿易海關監管的手段，因此《加工貿易貨物監管辦法》明確了海關“核查”的法律地位，保留了海關對企業進行勘驗、核查的權力，規定海關根據監管需 要，可以對企業進行核查，企業應當予以配合。另一方面，加工貿易海關監管還應與企業管理密切聯系，關注的重點從貨物轉到企業與貨物并重，重點放在企業自 管。要求加工貿易企業須經海關注冊登記，按規定設置并向海關報送有關帳簿、報表和其他單證。
    另外，進一步完善加工貿易和保稅監管法規體系，建立健全“企業自管、海關監管、地方政府協管、社會共管”的綜合治理機制等工作，中國海關海關實行聯網監 管。來自海關總署的資料顯示，到2005年底，海關共對2,290家大型加工貿易企業實施了聯網監管，聯網企業加工貿易進出口值已占中國全部加工貿易進出口值的56.5%。