《中華人民共和國海關行政復議辦法》（以下簡稱“《海關復議辦法》”）規定，復議中，作為申請人相對的一方——被申請人，有以下幾種情況。
一、公民、法人或者其他組織對海關作出的具體行政行為不服，作出該具體行政行為的海關是被申請人。
《海關復議辦法》第十六條規定，“公民、法人或者其他組織對海關作出的具體行政行為不服，依照本辦法規定申請行政復議的，作出該具體行政行為的海關是被申請人”。
被申請人與申請人是相對的概念，被申請人就是指被公民、法人或者其他組織認為侵犯其合法權益而向復議機關“投訴”并由復議機關通知參加復議的行政機關。對于海關而言，由于實行的是上一級復議制，復議機關一定是作出具體行政行為的上一級海關，而被申請人則與其他機關一樣，一定是作出具體行政行為的海關。行政復議的被申請人一般具備以下幾個特征：
一是只要實施了外部行政管理職能的海關或者法律、法規授權的組織，都有可能成為被申請人，而不論其本身是否具有外部行政管理的職權。目前海關實行四級分級，包括海關總署、直屬海關、隸屬海關、部分基層海關（分為副處級、科級兩級海關），同時還包括一些行業協會，如報關協會、口岸協會、兩區協會，它們也代海關實行部分管理職能。上述海關和有關協會作出具體行政行為，如果申請人認為該具體行政行為侵犯其合法權益，提請行政復議，即成為被申請人。要強調的是，自然人不能成為行政復議的被申請人，即使具體行政行為由海關工作人員作出，被申請人也只能是該工作人員所屬的海關。這是因為公務人員的執法行為代表其所屬的機關的意志，屬于其所從屬的行政機關的行為。二是必須為運用行政權力、作出有爭議的具體行政行為的海關或者法律法規授權的組織。作為被申請人，一定是實施了經申請人認為侵犯其合法權益的具體行政行為，并且這個具體行政行為與申請人的合法權益受損之間具有申請人認為的因果關系。海關作為行政機關，一方面代表國家行使行政管理職權，另一方面它也是民事主體，與其他民事主體一樣平等參與民事法律關系，后一方面顯然不能成為被申請人。同時，雖然它具有行政管理職權，但是它沒有實施具體行政行為，或者雖然實施具體行政行為，公民、法人或者其他組織認為該具體行政行為并沒有侵犯其合法權益，再或者雖然認為侵犯了合法權益，但是申請人沒有向復議機關申請復議，那么該海關也不是被申請人。
二、兩個以上海關以共同的名義作出具體行政行為的，以作出具體行政行為的海關為共同被申請人。
《海關復議辦法》第十八條規定“兩個以上海關以共同的名義作出具體行政行為的，以作出具體行政行為的海關為共同被申請人，向其共同的上一級海關申請行政復議”。
兩個以上海關聯合作出具體行政行為的情況不多見，但是為防止出現這種情況，有必要對此作出規定。具體例子如下：
（1）如果北京海關與天津海關共同作出一個具體行政行為，公民、法人或者其他組織不服提起復議，海關總署是它們的共同上一級海關，海關總署是復議機關，北京、天津海關是共同的被申請人；
（2）如果北京海關與濟南海關共同作出一個具體行政行為，公民、法人或者其他組織不服提起復議，它們的共同上一級海關還是海關總署，海關總署是復議機關，北京、濟南海關是共同的被申請人；
（3）如果無錫海關與威海海關共同作出一個具體行政行為，公民、法人或者其他組織不服提起復議，由于它們的上一級海關分別是南京海關和青島海關，因此，要符合《海關復議辦法》“共同的上一級海關”的要求，它們的共同上一級海關也是海關總署。
當然，在上述（2）、（3）中，將海關總署稱為北京海關與濟南海關、無錫海關與威海海關的共同上級海關更恰當。
三、海關與其他行政機關以共同的名義作出具體行政行為的，海關和其他行政機關為共同被申請人。
《海關復議辦法》第十九條第一款規定“海關與其他行政機關以共同的名義作出具體行政行為的，海關和其他行政機關為共同被申請人，向海關和其他行政機關的共同上一級行政機關申請行政復議”。
海關與其他行政機關共同執法的情形也不多見，在口岸上偶爾會涉及海關與商檢、海關與邊防共同執法的個別案例，在后續監管上會涉及海關與煙草專賣、海關與知識產權局、海關與工商管理等部門共同執法的情形。但是無論哪種情形，都不會有海關與上述部門的直接的“共同上一級行政機關”。海關的上一級機關是海關，而地方相關執法部門的上一級機關有的是上一級業務部門，也有的是本級人民政府。因此，出現海關與其他行政機關共同作出具體行政行為的情形時，公民、法人或者其他組織申請行政復議，復議機關是國務院，海關與其他行政機關是共同被申請人。
四、申請人對海關總署與國務院其他部門共同作出的具體行政行為不服，海關總署和國務院其他部門為共同被申請人。
《海關復議辦法》第十九條第二款規定“申請人對海關總署與國務院其他部門共同作出的具體行政行為不服，向海關總署或者國務院其他部門提出行政復議申請，由海關總署、國務院其他部門共同作出處理決定”。

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